+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ghb | ||||||
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Title | Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized) | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Regulatory protein spx Adaptor protein YjbH | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.104 Å | ||||||
Authors | Awad, W. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2019 Title: Structural Basis for YjbH Adaptor-Mediated Recognition of Transcription Factor Spx. Authors: Awad, W. / Al-Eryani, Y. / Ekstrom, S. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ghb.cif.gz | 320.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ghb.ent.gz | 272.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ghb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15638.970 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: spxA, yjbD, BSU11500 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: O31602 #2: Protein | Mass: 33716.727 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (bacteria) Strain: HTA426 / Gene: GK0824 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: Q5L1S1 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→48.429 Å / Num. obs: 16640 / % possible obs: 99.17 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.97 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.2 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.609 / % possible all: 98.59 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.104→48.429 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / Phase error: 28.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.104→48.429 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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