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- PDB-6ggr: Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector Gtg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ggr
タイトルCrystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65
要素
  • Bacteriophage virulence determinant
  • Transcription factor p65
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Protease / Metalloprotease / zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation ...SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / prolactin signaling pathway / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / positive regulation of Schwann cell differentiation / response to cobalamin / CD209 (DC-SIGN) signaling / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / response to UV-B / non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / signal transduction involved in regulation of gene expression / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / phosphate ion binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to angiotensin / general transcription initiation factor binding / response to cAMP / hair follicle development / canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB binding / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / antiviral innate immune response / peptide binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / negative regulation of angiogenesis / response to ischemia / positive regulation of interleukin-1 beta production / animal organ morphogenesis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to bacterium / chromatin DNA binding / protein catabolic process / liver development / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / defense response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to insulin / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to nicotine / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / transcription coactivator binding / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to tumor necrosis factor / chromatin organization / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
PipA / PipA protein / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...PipA / PipA protein / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriophage virulence determinant / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Jennings, E. / Esposito, D. / Rittinger, K. / Thurston, T.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001142 英国
Imperial College LondonRSRO_P50016 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R011834/1 英国
Wellcome Trust102410/Z/13/ZR 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses of the bacterial zinc metalloprotease effector protein GtgA uncover key residues required for deactivating NF-kappa B.
著者: Jennings, E. / Esposito, D. / Rittinger, K. / Thurston, T.L.M.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor p65
B: Bacteriophage virulence determinant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4864
ポリマ－43,4152
非ポリマー712
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.392, 85.833, 111.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 19316.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rela, Nfkb3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04207
#2: タンパク質 Bacteriophage virulence determinant


分子量: 24098.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
遺伝子: gtgA, STM14_1166 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6AZI6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→55.93 Å / Num. obs: 22948 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 31.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1894 / Rpim(I) all: 0.03482 / Rrim(I) all: 0.1927 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.097→2.172 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RAM

2ram


解像度: 2.097→55.93 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1129 4.96 %
Rwork0.2061 --
obs0.2084 22771 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→55.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2877 0 2 149 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6453997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3371124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0974-2.19290.32891340.2842648X-RAY DIFFRACTION98
2.1929-2.30850.33661400.28792552X-RAY DIFFRACTION96
2.3085-2.45310.28221370.25512688X-RAY DIFFRACTION100
2.4531-2.64250.33311390.24122685X-RAY DIFFRACTION100
2.6425-2.90840.25831380.23312673X-RAY DIFFRACTION99
2.9084-3.32930.24611590.20762732X-RAY DIFFRACTION100
3.3293-4.19450.25321360.17652754X-RAY DIFFRACTION100
4.1945-55.930.19641460.1752910X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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