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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gfm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Escherichia coli nucleosidase PpnN (pppGpp-form) | |||||||||
![]() | Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / YgdH / PpnN / allosteric enzyme / nucleotide metabolism / stringent response / antibiotic tolerance / persistence / fluoroquinolone | |||||||||
機能・相同性 | ![]() inosinate nucleosidase activity / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity / AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / guanosine tetraphosphate binding / protein-containing complex / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, Y. / Baerentsen, R.L. / Gerdes, K. / Brodersen, D.E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: (p)ppGpp Regulates a Bacterial Nucleosidase by an Allosteric Two-Domain Switch. 著者: Zhang, Y.E. / Baerentsen, R.L. / Fuhrer, T. / Sauer, U. / Gerdes, K. / Brodersen, D.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 866.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 880.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53244.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ADR8, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase, AMP nucleosidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-0O2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.4M KNa tartrate hydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→34.7 Å / Num. obs: 19332 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 84.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1421 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.1451 / Net I/σ(I): 17.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.869 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 2.704 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 1907 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.6416 / Rrim(I) all: 2.781 / % possible all: 99.74 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6GFL 解像度: 2.77→34.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→34.7 Å
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