[日本語] English
万見
- PDB-6gef: X-ray structure of the Yersinia pseudotuberculosis ATPase DotB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gef
タイトルX-ray structure of the Yersinia pseudotuberculosis ATPase DotB
要素Type IV secretion system protein DotB
キーワードHYDROLASE / AAA+ ATPase Type IVb secretion
機能・相同性: / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Type IV secretion system protein DotB
機能・相同性情報
生物種Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Prevost, M.S. / Waksman, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council321630 英国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: X-ray crystal structures of the type IVb secretion system DotB ATPases.
著者: Prevost, M.S. / Waksman, G.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Type IV secretion system protein DotB
B: Type IV secretion system protein DotB
C: Type IV secretion system protein DotB
D: Type IV secretion system protein DotB
E: Type IV secretion system protein DotB
F: Type IV secretion system protein DotB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,1886
ポリマ－270,1886
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20840 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area91560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.040, 93.560, 109.920
Angle α, β, γ (deg.)103.900, 101.980, 99.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Type IV secretion system protein DotB


分子量: 45031.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 (仮性結核菌)
遺伝子: YpsIP31758_B0110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1QTI9

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na/Cacodylate buffer pH5.5 and 12% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40.57 Å / Num. obs: 77292 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.49 % / Net I/σ(I): 10.33
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EWV, 5FL3

2ewv

5fl3


解像度: 2.75→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.628 / ESU R Free: 0.414
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2962 3866 5 %RANDOM
Rwork0.2546 ---
obs0.2567 77292 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.55 Å2 / Biso mean: 76.0573 Å2 / Biso min: 37.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å2-0.19 Å20.4 Å2
2---1.39 Å22.57 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18021 0 0 0 18021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01918348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0217236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.95924837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.622339940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.25752307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97423.693807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.779153233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.38515136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9414.2569246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9414.2559245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6336.3911547
LS精密化 シェル解像度: 2.754→2.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 261 -
Rwork0.427 5017 -
all-5278 -
obs--91.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28070.5194-0.19911.3924-0.97991.43020.0278-0.1721-0.00370.1888-0.239-0.1132-0.00870.24910.21120.2245-0.0280.04940.3281-0.12220.129-3.696-0.4166.052
22.90490.10470.86211.4644-0.43961.00510.0828-0.1582-0.1085-0.11230.02880.14790.3865-0.1322-0.11160.4214-0.03220.04160.31-0.130.1197-26.247-25.684-5.897
32.25360.24490.5241.2094-0.56551.08420.15590.0227-0.0057-0.1349-0.04310.14570.1742-0.085-0.11270.4206-0.04330.05790.193-0.1260.1206-43.823-21.235-34.745
41.081.03250.37072.1362-0.23041.4518-0.0060.07580.48590.02780.00020.4718-0.149-0.14430.00590.30080.02220.05230.3341-0.07650.318-48.5817.318-57.231
50.6370.63660.60781.81311.00281.9558-0.06830.10630.1728-0.11930.00550.1813-0.12280.03150.06280.24130.03010.06640.2456-0.11060.1972-21.94830.111-48.556
60.91790.25060.30741.7364-0.05332.42260.0156-0.1157-0.00040.084-0.1896-0.17540.00710.20120.1740.1146-0.02760.04770.2353-0.090.128-1.86824.115-21.701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 388
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 387
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 387
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 388

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る