PDB-6geb: X-ray structure of the Legionella pneumophila ATPase DotB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6geb

タイトル

X-ray structure of the Legionella pneumophila ATPase DotB

要素

DotB

キーワード

HYDROLASE / AAA+ ATPase Type IVb secretion

機能・相同性

Dot/Icm secretion system ATPase DotB / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHATE ION / DotB

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Prevost, M.S. / Waksman, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: X-ray crystal structures of the type IVb secretion system DotB ATPases.
著者: Prevost, M.S. / Waksman, G.

履歴

登録	2018年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6geb.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6geb.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6geb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6geb_validation.pdf.gz	599.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6geb_full_validation.pdf.gz	856.4 KB	表示
XML形式データ	6geb_validation.xml.gz	181.8 KB	表示
CIF形式データ	6geb_validation.cif.gz	240.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6geb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6geb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gefC 2ewvS 5fl3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6olk-d 6okv-d 6ojz-d 20115 6gef-d 6ojy-d 4287 2eww-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DotB

B: DotB

C: DotB

D: DotB

E: DotB

F: DotB

G: DotB

H: DotB

I: DotB

J: DotB

K: DotB

L: DotB

ヘテロ分子

531 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DotB

B: DotB

C: DotB

D: DotB

E: DotB

F: DotB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Size-Exclusion Chromatography MultiAngle Light Scattering (SEC-MALS)
266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DotB

H: DotB

I: DotB

J: DotB

K: DotB

L: DotB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Size-Exclusion Chromatography MultiAngle Light Scattering (SEC-MALS)
266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.200, 109.300, 119.800
Angle α, β, γ (deg.)	83.700, 86.600, 60.700
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	DotB / Type II secretory pathway / ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway / ATPase PilB 分子量: 44162.277 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: dotB, yggR, ERS240541_01758, ERS240560_02271, ERS253249_00407 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52185
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2M of Na/K phosphate buffer pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→36.04 Å / Num. obs: 78104 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.49 % / Net I/σ(I): 6.95
反射シェル	解像度: 3.19→3.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EWV, 5FL3

2ewv

5fl3

解像度: 3.19→36.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.584
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2613	3841	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2331	-	-	-
obs	0.2345	78095	97.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.1 Å² / B_iso mean: 100.4151 Å² / B_iso min: 47.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0.5 Å²	0.36 Å²
2-	-	-0.63 Å²	-0.42 Å²
3-	-	-	1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→36.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34602	0	60	0	34662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	35208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	33708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.978	47816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.578	3	77920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.911	5	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.303	23.389	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.383	15	6234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.676	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	38730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.788	6.524	17666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.788	6.524	17665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.179	9.792	22058

LS精密化シェル

解像度: 3.194→3.276 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	263	-
R_work	0.378	5209	-
all	-	5472	-
obs	-	-	93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0918	-0.3968	0.0076	3.3072	1.1596	0.5926	0.0985	0.0878	0.2377	-0.1634	-0.051	0.1259	-0.1345	-0.1552	-0.0475	0.2015	-0.0108	0.0357	0.2395	0.1695	0.1789	-53.363	-33.302	1.954
2	0.8696	1.1707	0.7798	1.677	0.7417	1.9317	-0.0109	-0.0164	0.2012	-0.0932	-0.0103	0.267	0.1466	-0.1103	0.0212	0.1064	0.0352	0.0537	0.098	0.1054	0.2377	-33.553	-4.754	0.148
3	2.4409	-0.5972	1.1657	0.7405	-0.5063	1.7662	0.0366	0.0206	0.2341	-0.0289	0.0744	-0.1682	-0.0885	0.2715	-0.1109	0.1177	-0.0848	0.0524	0.1375	-0.0513	0.1701	2.385	1.511	3.738
4	0.756	-0.3357	-0.1441	2.3818	-1.1965	1.0564	-0.0035	0.0462	-0.1225	0.1348	-0.0612	-0.2596	0.0862	0.0675	0.0647	0.209	-0.0019	-0.0554	0.1676	0.0282	0.1544	17.473	-28.864	3.276
5	2.2735	1.0199	-1.0299	1.4798	-0.4566	0.6987	-0.1032	0.1098	-0.4364	-0.269	0.0521	-0.2856	0.2912	-0.0532	0.0512	0.4013	0.0187	-0.0464	0.1601	0.0698	0.2676	4.569	-63.117	5.382
6	2.7638	-0.7728	-0.1437	0.5622	0.3799	0.8501	-0.0231	0.1903	-0.2463	-0.0352	0.0326	0.0871	-0.0859	-0.0369	-0.0095	0.304	-0.129	0.0083	0.206	0.0717	0.091	-29.916	-60.89	2.491
7	2.5311	-1.3056	-1.2912	1.5959	1.312	1.642	0.0495	0.259	-0.3688	-0.2598	-0.0676	-0.049	0.1557	-0.2864	0.0181	0.3867	-0.1129	0.0729	0.3137	0.1667	0.3474	-35.429	-113.207	64.014
8	1.0879	0.3181	0.1498	2.4515	0.9927	1.2568	-0.0362	-0.0804	0.0358	0.0604	0.1033	0.1123	-0.1331	-0.1902	-0.067	0.2098	0.0438	0.0185	0.2311	0.1462	0.1021	-40.655	-79.004	62.808
9	2.7556	0.6746	0.925	1.1222	0.0831	0.967	-0.1275	-0.0928	0.4098	-0.1089	0.0925	0.0222	-0.5913	0.2592	0.0351	0.7608	-0.1412	0.1234	0.3005	0.0166	0.1856	-18.7	-50.113	64.14
10	1.4722	-0.8919	0.7616	0.5975	-0.4534	1.0822	0.11	0.0015	0.1788	-0.0596	-0.0693	-0.2024	-0.3811	0.0482	-0.0407	0.5048	-0.2934	0.053	0.4283	0.1789	0.2359	12.992	-62.077	61.408
11	0.7055	0.0822	-0.3618	2.8668	-1.1321	1.4886	0.0543	0.1256	-0.0905	-0.134	-0.1662	-0.1387	0.43	0.4596	0.1119	0.4553	0.0206	0.102	0.526	0.0838	0.3114	27.119	-95.591	62.831
12	2.6214	0.3227	-0.1718	0.17	-0.3013	0.8986	-0.0347	0.2064	-0.5242	-0.0636	0.0748	-0.0016	0.1159	0.0669	-0.0402	0.6532	-0.0316	0.1526	0.156	0.0148	0.4265	0.725	-117.222	61.495

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 372
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 374
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 373
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 372
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 372
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 374
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	5 - 373
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	6 - 373
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	6 - 372
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	5 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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