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万見
- PDB-6gdr: DNA binding with a minimal scaffold: Structure-function analysis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gdr
タイトルDNA binding with a minimal scaffold: Structure-function analysis of Lig E DNA ligases
要素
  • DNA
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
  • DNA ligase
キーワードLIGASE / DNA ligases
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Williamson, A. / Grigic, M. / Leiros, H.K.S.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway244247 ノルウェー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: DNA binding with a minimal scaffold: structure-function analysis of Lig E DNA ligases.
著者: Williamson, A. / Grgic, M. / Leiros, H.S.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3967
ポリマ－45,8594
非ポリマー5373
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: have done MicroScale Thermophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.024, 71.207, 117.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas mediterranea (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 3004.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas mediterranea (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas mediterranea (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 DNA ligase


分子量: 33017.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas mediterranea (バクテリア)
遺伝子: BM525_03130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J0SCU0

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非ポリマー , 3種, 72分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG 4K, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 12% ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→47.92 Å / Num. obs: 22739 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.387 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2184 / CC1/2: 0.493 / Rpim(I) all: 0.0858 / Rrim(I) all: 1.635 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 2.33→24.84 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1143 5.03 %
Rwork0.2181 --
obs0.2205 22708 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 856 32 69 2988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5564350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8291661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3272-2.4330.33231470.30382629X-RAY DIFFRACTION97
2.433-2.56120.34331490.3152702X-RAY DIFFRACTION100
2.5612-2.72150.36391410.31952669X-RAY DIFFRACTION98
2.7215-2.93130.40081210.30672727X-RAY DIFFRACTION100
2.9313-3.22570.29921430.2642707X-RAY DIFFRACTION99
3.2257-3.69120.27911530.22112665X-RAY DIFFRACTION98
3.6912-4.64550.26091430.1792718X-RAY DIFFRACTION99
4.6455-24.84090.18681460.17122748X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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