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万見
- PDB-6gcv: Ligand binding domain (LBD) of the p. aeruginosa nitrate receptor McpN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gcv
タイトルLigand binding domain (LBD) of the p. aeruginosa nitrate receptor McpN
要素Chemotaxis transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotaxis / Pseudomonas aeruginosa / chemoreceptor / nitrate
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / signal transduction
類似検索 - 分子機能
NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NITRATE ION / Chemotaxis transducer / Probable chemotaxis transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Krell, T. / Martin-Mora, D. / Ortega, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-4297-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: The Molecular Mechanism of Nitrate Chemotaxis via Direct Ligand Binding to the PilJ Domain of McpN.
著者: Martin-Mora, D. / Ortega, A. / Matilla, M.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A. / Krell, T.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis transducer
B: Chemotaxis transducer
C: Chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,01314
ポリマ－47,5023
非ポリマー51111
水7,728429
1
A: Chemotaxis transducer
B: Chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,03510
ポリマ－31,6682
非ポリマー3678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
2
C: Chemotaxis transducer
ヘテロ分子

C: Chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9568
ポリマ－31,6682
非ポリマー2886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.777, 87.949, 52.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-200-

NO3

21C-200-

NO3

31A-361-

HOH

41A-405-

HOH

51B-407-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Chemotaxis transducer / Methyl-accepting chemotaxis protein PctC


分子量: 15833.935 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pctC_5, pctC_1, AOY09_04118, CAZ03_12680, CAZ10_05855, PAMH19_2341, RW109_RW109_03190
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A069QEB8, UniProt: Q9I055*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: Capillary counterdiffusion method: C23: 0.82 M K-phosphate, 0.82 M Na-phosphate, 0.1 M Na-Hepes pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日 / 詳細: Toroidal Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.32 Å / Num. obs: 88758 / % possible obs: 85.43 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 17.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0316 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.98
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3744 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 9541 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.2746 / Rrim(I) all: 0.4657 / % possible all: 92.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
REFMAC5.8.0216精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15325 4375 4.9 %RANDOM
Rwork0.12535 ---
obs0.12673 84383 85.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 32 429 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.9714538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79637376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1635473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.28723.642173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43315634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8661547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6422.0571662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6242.0511659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1293.0732104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1293.0762105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9842.4231661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9842.4241662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6083.5122394
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.35926.024169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.28525.874143
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.11436489
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.2435259
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.51556591
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 349 -
Rwork0.203 6768 -
obs--92.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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