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万見
- PDB-6gcm: Escherichia coli DPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gcm
タイトルEscherichia coli DPS
要素(DNA protection during starvation protein) x 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to stress / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kovalenko, V.V. / Loiko, N.G. / Tereshkin, E.V. / Tereshkina, K.B. / Chulichkov, A.L. / Popov, A.N. / Krupyanskii, Y.F.
資金援助2件
組織認可番号国
Russian Ministry of Education and Science14.616.21.0070
Federal agency of scientific organizationsAAAA-A17-117040610310-6
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Escherichia coli DPS
著者: Kovalenko, V.V. / Loiko, N.G. / Tereshkin, E.V. / Tereshkina, K.B. / Chulichkov, A.L. / Popov, A.N. / Krupyanskii, Y.F.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
G: DNA protection during starvation protein
H: DNA protection during starvation protein
I: DNA protection during starvation protein
J: DNA protection during starvation protein
K: DNA protection during starvation protein
L: DNA protection during starvation protein
b: DNA protection during starvation protein
c: DNA protection during starvation protein
d: DNA protection during starvation protein
e: DNA protection during starvation protein
f: DNA protection during starvation protein
g: DNA protection during starvation protein
h: DNA protection during starvation protein
i: DNA protection during starvation protein
j: DNA protection during starvation protein
k: DNA protection during starvation protein
l: DNA protection during starvation protein
m: DNA protection during starvation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,60524
ポリマ－417,60524
非ポリマー00
水17,186954
1
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
G: DNA protection during starvation protein
H: DNA protection during starvation protein
I: DNA protection during starvation protein
J: DNA protection during starvation protein
K: DNA protection during starvation protein
L: DNA protection during starvation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,99712
ポリマ－208,99712
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44800 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area56450 Å2
手法PISA
2
b: DNA protection during starvation protein
c: DNA protection during starvation protein
d: DNA protection during starvation protein
e: DNA protection during starvation protein
f: DNA protection during starvation protein
g: DNA protection during starvation protein
h: DNA protection during starvation protein
i: DNA protection during starvation protein
j: DNA protection during starvation protein
k: DNA protection during starvation protein
l: DNA protection during starvation protein
m: DNA protection during starvation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,60812
ポリマ－208,60812
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44820 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area56280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.150, 89.420, 150.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.24, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 DNA protection during starvation protein


分子量: 17859.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: タンパク質
DNA protection during starvation protein


分子量: 17356.645 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#3: タンパク質 DNA protection during starvation protein


分子量: 17571.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dps, pexB, vtm, b0812, JW0797 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#4: タンパク質 DNA protection during starvation protein


分子量: 16967.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / 詳細: PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→150.65 Å / Num. obs: 138619 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 8.11
反射 シェル解像度: 2.45→2.514 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DPS

1dps


解像度: 2.45→100.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 13.292 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25805 7407 5 %RANDOM
Rwork0.20273 ---
obs0.20547 139323 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0 Å2-0.73 Å2
2---0.29 Å2-0 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→100.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29282 0 0 954 30236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01929711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.94940286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48853679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.03924.9321466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.455155292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1515192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.24760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1063.52714788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2895.28118443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9123.68214923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.03815.8946663
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 534 -
Rwork0.377 10263 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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