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万見
- PDB-6gch: STRUCTURE OF CHYMOTRYPSIN-*TRIFLUOROMETHYL KETONE INHIBITOR COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gch
タイトルSTRUCTURE OF CHYMOTRYPSIN-*TRIFLUOROMETHYL KETONE INHIBITOR COMPLEXES. COMPARISON OF SLOWLY AND RAPIDLY EQUILIBRATING INHIBITORS
要素(GAMMA-CHYMOTRYPSIN A) x 3
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-APF / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brady, K. / Wei, A. / Ringe, D. / Abeles, R.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure of chymotrypsin-trifluoromethyl ketone inhibitor complexes: comparison of slowly and rapidly equilibrating inhibitors.
著者: Brady, K. / Wei, A.Z. / Ringe, D. / Abeles, R.H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure and Activity of Two Photoreversible Cinnamates Bound to Chymotrypsin
著者: Stoddard, B.L. / Bruhnke, J. / Porter, N. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Photolysis and Deacylation of Inhibited Chymotrypsin
著者: Stoddard, B.L. / Bruhnke, J. / Koenig, P. / Porter, N. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Inhibition of Chymotrypsin by Peptidyl Trifluoromethy Ketones. Determinants of Slow-Binding Kinetics
著者: Brady, K. / Abeles, R.H.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Ph Dependence of the Inhibition of Chymotrypsin by a Peptidyl Trifluoromethyl Ketone
著者: Liang, K.Brady.T.-C. / Abeles, R.H.
履歴
登録1990年4月6日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5224
ポリマ－25,2633
非ポリマー2591
水3,387188
1
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0448
ポリマ－50,5256
非ポリマー5182
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.300, 69.300, 97.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: 化合物 ChemComp-APF / 1,1,1-TRIFLUORO-3-ACETAMIDO-4-PHENYL BUTAN-2-ONE(N-ACETYL-L-PHENYLALANYL TRIFLUOROMETHYL KETONE) / トリフルオロ(N-アセチル-L-フェニルアラニル)メタン


分子量: 259.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12F3NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlgamma-chymotrypsin11
210 mMsodium cacodylate11
30.75 %satcetyltrimethylammonium bromide11
444 %satammonium sulfate11
570-75 %satammonium sulfate12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 65 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 9225 / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→6 Å
詳細: 6GCH PHASES WERE CALCULATED FROM THE MODEL OF G.COHEN ET AL. 6GCH (PROTEIN DATA BANK ENTRY 2GCH) AND APPLIED TO STRUCTURE 6GCH FACTORS COLLATED FROM ALPHA-CHYMOTRYPSIN CRYSTALS WHICH HAD 6GCH ...詳細: 6GCH PHASES WERE CALCULATED FROM THE MODEL OF G.COHEN ET AL. 6GCH (PROTEIN DATA BANK ENTRY 2GCH) AND APPLIED TO STRUCTURE 6GCH FACTORS COLLATED FROM ALPHA-CHYMOTRYPSIN CRYSTALS WHICH HAD 6GCH BEEN SOAKED IN A SOLUTION CONTAINING THE INHIBITOR 6GCH N-ACETYL-L-PHENYLALANYL TRIFLUOROMETHYL KETONE. ALL 6GCH SECONDARY STRUCTURAL FEATURES AND SEQUENCE ARE IDENTICAL TO 6GCH PROTEIN DATA BANK ENTRY 2GCH. 6GCH
Rfactor反射数
obs0.18 9255
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 18 188 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 9255 / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 9.2 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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