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- PDB-6gce: DNA binding domain of restriction endonuclease McrBC in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gce
タイトルDNA binding domain of restriction endonuclease McrBC in complex with 5-formylcytosine DNA
要素
  • 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*(5FC)P*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / 5-formylcytosine / restriction endonuclease / McrBC / base flipping
機能・相同性
機能・相同性情報


restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Metal Transport, Frataxin; Chain A - #90 / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit, DNA-binding domain / MrcB-like, N-terminal domain / Metal Transport, Frataxin; Chain A / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sasnauskas, G.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of Lithuania, MIP-027/2012リトアニア
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Recognition of modified cytosine variants by the DNA-binding domain of methyl-directed endonuclease McrBC.
著者: Zagorskaite, E. / Manakova, E. / Sasnauskas, G.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
B: 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*(5FC)P*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6754
ポリマ－46,6754
非ポリマー00
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.175, 69.988, 144.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B / EcoKMcrBC


分子量: 19659.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: mcrB, rglB, b4346, JW5871
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*(5FC)P*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3642.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3712.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M LiCl, 22% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.001 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.09 Å / Num. obs: 92903 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 9718 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ssc

3ssc


解像度: 1.6→35.089 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 22.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 9430 10.15 %
Rwork0.1673 --
obs0.1712 92903 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2509 488 0 370 3367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0465187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9141373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.33713190.29982760X-RAY DIFFRACTION99
1.6182-1.63720.32232790.27812841X-RAY DIFFRACTION100
1.6372-1.65720.32093500.26842777X-RAY DIFFRACTION100
1.6572-1.67820.32673390.27122770X-RAY DIFFRACTION100
1.6782-1.70030.29762920.24942801X-RAY DIFFRACTION100
1.7003-1.72360.29462700.22772848X-RAY DIFFRACTION100
1.7236-1.74820.28113210.21952775X-RAY DIFFRACTION100
1.7482-1.77430.2533270.21882742X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.8020.28213250.21392844X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.83150.24842760.20752823X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86310.2633520.19732729X-RAY DIFFRACTION100
1.8631-1.8970.24623410.17742817X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.93350.23092990.18382801X-RAY DIFFRACTION100
1.9335-1.97290.22042700.16862802X-RAY DIFFRACTION100
1.9729-2.01580.23473140.16012849X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.06270.23013070.16632773X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.11430.23843120.1682815X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.17150.22533080.16442782X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.23540.21083150.15612791X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.30750.1933100.15232803X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.38990.19513120.15172838X-RAY DIFFRACTION100
2.3899-2.48560.21043350.15622762X-RAY DIFFRACTION100
2.4856-2.59870.18753060.15382793X-RAY DIFFRACTION100
2.5987-2.73570.20443490.17032751X-RAY DIFFRACTION100
2.7357-2.9070.19923080.16552761X-RAY DIFFRACTION99
2.907-3.13130.21962990.16462789X-RAY DIFFRACTION99
3.1313-3.44620.17523130.15432743X-RAY DIFFRACTION98
3.4462-3.94430.16643410.14292727X-RAY DIFFRACTION98
3.9443-4.96710.15293210.12792719X-RAY DIFFRACTION98
4.9671-35.0970.17283200.17212647X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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