PDB-6gcb: Crystal structure of glutathione transferase Xi 3 from Trametes v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gcb

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase Xi 3 from Trametes versicolor in complex with glutathione

要素

Glutathione transferase Xi 3 from Trametes versicolor

キーワード

TRANSFERASE / glutathione transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes versicolor (カワラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Trametes versicolor glutathione transferase Xi 3, a dual Cys-GST with catalytic specificities of both Xi and Omega classes.
著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Deroy, A. / Roret, T. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Gelhaye, E. / Favier, F. / Didierjean, C.

履歴

登録	2018年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gcb.cif.gz	238.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gcb.ent.gz	193.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gcb_validation.pdf.gz	957.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gcb_full_validation.pdf.gz	959 KB	表示
XML形式データ	6gcb_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6gcb_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/6gcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gc9C 6gcaSC 6gccC 6htaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gca-d 6gc9-d 2eg4-d 6hta-d 5ume-3 5n48-d 5f0k-1 3fqh-d 4mmi-d 4c0e-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Glutathione transferase Xi 3 from Trametes versicolor

B: Glutathione transferase Xi 3 from Trametes versicolor

ヘテロ分子

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.370, 72.370, 316.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Glutathione transferase Xi 3 from Trametes versicolor 分子量: 37163.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F2YM27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 8,000, 0.1M pH 6.5 sodium cacodylate buffer and 0.2M magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97972 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.795→48.694 Å / Num. obs: 78924 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GCA

6gca

解像度: 1.795→48.694 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	3942	5 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1621	78879	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→48.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4744	0	40	491	5275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	6715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.06	2885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	863

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7954-1.8173	0.26	97	0.2445	1826	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8173-1.8403	0.2935	136	0.2415	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8403-1.8645	0.2524	139	0.2252	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8645-1.89	0.2351	138	0.2116	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.917	0.2736	139	0.2011	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-1.9456	0.2358	141	0.1861	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9456-1.976	0.2279	140	0.1816	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.976-2.0084	0.1927	141	0.1692	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0084-2.0431	0.1967	140	0.1625	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0431-2.0802	0.205	140	0.1602	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0802-2.1202	0.1767	141	0.1551	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1202-2.1635	0.1983	140	0.1562	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1635-2.2105	0.167	142	0.1486	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.262	0.1709	143	0.1422	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.3185	0.1648	140	0.1387	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3185-2.3812	0.1733	143	0.1383	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3812-2.4513	0.1814	141	0.1331	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4513-2.5304	0.1617	142	0.1404	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5304-2.6208	0.1807	143	0.1435	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6208-2.7258	0.1895	142	0.1488	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7258-2.8498	0.2069	145	0.1718	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8498-3	0.1924	143	0.1664	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.188	0.2206	144	0.1744	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.188-3.4341	0.2145	145	0.1731	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4341-3.7795	0.1839	145	0.1681	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7795-4.3261	0.1568	147	0.1435	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3261-5.4493	0.1369	149	0.1307	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4493-48.7118	0.17	156	0.1593	2977	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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