[日本語] English
万見
- PDB-6gb8: Copper nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes: small c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gb8
タイトルCopper nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes: small cell polymorph dataset 1
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Copper / denitrification / serial synchrotron crystallography / polymorphs / nitrite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Appleby, M.V. / Axford, D. / Beale, J. / Moreno-Chicano, T. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M022714/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2014-355 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Resolving polymorphs and radiation-driven effects in microcrystals using fixed-target serial synchrotron crystallography.
著者: Ebrahim, A. / Appleby, M.V. / Axford, D. / Beale, J. / Moreno-Chicano, T. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Hough, M.A. / Owen, R.L.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2334
ポリマ－37,0601
非ポリマー1733
水2,468137
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,69912
ポリマ－111,1793
非ポリマー5199
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area13370 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area32590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.382, 96.382, 96.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Cu-NIR


分子量: 37059.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
遺伝子: nirK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25006, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 4.5
詳細: Batch microcrystals were prepared by rapidly mixing 20 mg/ml AcNiR in 20mM Tris, pH 7.5 with a solution containing 2.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate pH 4.5 buffer, in a ratio of 1: ...詳細: Batch microcrystals were prepared by rapidly mixing 20 mg/ml AcNiR in 20mM Tris, pH 7.5 with a solution containing 2.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate pH 4.5 buffer, in a ratio of 1:3 and mixed by vortexing for 60 seconds. Microcrystals with a diameter of 5-15 microns grew at room temperature over a period of 4-6 days.

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→29.06 Å / Num. obs: 49882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 548 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / R split: 0.0571 / Net I/σ(I): 1.75
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 206.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.17 / Num. unique obs: 2471 / CC1/2: 0.726 / R split: 0.8773 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i6k

5i6k


解像度: 1.48→29.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 2561 5.1 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1873 47321 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.54 Å2 / Biso mean: 22.284 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2538 0 5 137 2680
Biso mean--22.3 29.72 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9413562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.82835425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4885332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64324.298114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40815384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3322.0891329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3312.0911330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1093.1271660
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 152 -
Rwork0.399 3497 -
all-3649 -
obs--99.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る