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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gb4 | ||||||
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タイトル | The Structure of variant S328A of the Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana in complex with AMP and molybdate | ||||||
![]() | Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Arabidopsis / Arabidopsis Proteins / Coenzymes / Metalloproteins / Catalytic Domain / Nucleotide Binding / Entropic Enzyme / Adenosine Monophosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdenum ion binding / response to metal ion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krausze, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The functional principle of eukaryotic molybdenum insertases. 著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Zwerschke, D. / Kirk, M.L. / Blankenfeldt, W. / Mendel, R.R. / Kruse, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6etdC ![]() 6etfC ![]() 6ethC ![]() 6gaxC ![]() 6gb0C ![]() 6gb9C ![]() 6gbcC ![]() 6gbfC ![]() 5g2rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48883.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CNX1, At5g20990, F22D1.6, T10F18.20 / プラスミド: pGplus-Cnx1E / 詳細 (発現宿主): PQE80 derivative / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39054, molybdopterin molybdotransferase, molybdopterin adenylyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 260分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MOO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % / 解説: isometric tetragonal prism |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium formate, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium oxamate; 0.1 M Tris BICINE pH 8.5; 10 % (w/v) ...詳細: 0.1 M sodium formate, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium oxamate; 0.1 M Tris BICINE pH 8.5; 10 % (w/v) PEG 4000, 20 % glycerol; 0.015 M sodium molybdate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.648→90.136 Å / Num. obs: 53674 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 30.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.648→1.757 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2683 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.538 / Rrim(I) all: 1.899 / % possible all: 24 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5G2R 解像度: 1.648→61.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.102 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096 詳細: Data were corrected for anisotropy prior to refinement.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.648→61.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.773 Å / Origin y: 19.5701 Å / Origin z: 0.8453 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |