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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gb0 | ||||||
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タイトル | The Structure of variant K294A of the Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana in complex with AMP | ||||||
![]() | Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Arabidopsis / Arabidopsis Proteins / Coenzymes / Metalloproteins / Catalytic Domain / Nucleotide Binding / Entropic Enzyme / Adenosine Monophosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process ...glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdenum ion binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / response to metal ion / dendrite / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krausze, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The functional principle of eukaryotic molybdenum insertases. 著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Zwerschke, D. / Kirk, M.L. / Blankenfeldt, W. / Mendel, R.R. / Kruse, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 324.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 755 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 756.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6etdC ![]() 6etfC ![]() 6ethC ![]() 6gaxC ![]() 6gb4C ![]() 6gb9C ![]() 6gbcC ![]() 6gbfC ![]() 5g2rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49720.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CNX1, At5g20990, F22D1.6, T10F18.20 / プラスミド: pGplus-Cnx1E / 詳細 (発現宿主): PQ80 DERIVATIVE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39054, molybdopterin molybdotransferase, molybdopterin adenylyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 270分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % / 解説: isometric tetragonal prism |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M imidazole, 0.1 M MES pH 6.5; 0.06 M sodium nitrate, 0.06 M sodium phosphate, 0.06 M ammonium sulfate; 20 % (v/v) PEG 500 MME, 10 % PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI111 double crystal with sagital bender プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.814→42.791 Å / Num. obs: 32849 / % possible obs: 66.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 30.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.814→2.089 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. unique obs: 2737 / CC1/2: 0.732 / Rpim(I) all: 0.532 / Rrim(I) all: 0.854 / % possible all: 16.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5G2R 解像度: 1.814→24.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144 詳細: Data were corrected for anisotropy prior to refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.77 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.814→24.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.814→1.87 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.5681 Å / Origin y: 19.5594 Å / Origin z: 1.2906 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |