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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ga2 | ||||||
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タイトル | Bacteriorhodopsin, dark state, cell 2 | ||||||
![]() | Bacteriorhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / proton pump / time-resolved crystallography / free-electron laser | ||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. ...Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Domratcheva, T. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional view of ultrafast dynamics in photoexcited bacteriorhodopsin. 著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / ...著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Heyne, K. / Domratcheva, T. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ga1C ![]() 6ga3C ![]() 6ga4C ![]() 6ga5C ![]() 6ga6C ![]() 6ga7C ![]() 6ga8C ![]() 6ga9C ![]() 6gaaC ![]() 6gabC ![]() 6gacC ![]() 6gadC ![]() 6gaeC ![]() 6gafC ![]() 6gagC ![]() 6gahC ![]() 6gaiC ![]() 6rmkC ![]() 5b6vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 11種, 53分子 ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/L2P.gif)
![](data/chem/img/TRD.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HP6.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/MYS.gif)
![](data/chem/img/UND.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/L2P.gif)
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![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HP6.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/MYS.gif)
![](data/chem/img/UND.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRD / | #5: 化合物 | ChemComp-D10 / | #6: 化合物 | ChemComp-HP6 / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MYS / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-DD9 / | #11: 化合物 | ChemComp-C14 / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 32% (w/v) PEG 2000, 0.1 M K2HPO4 /NaH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.26 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→21 Å / Num. obs: 22376 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 795 % / R split: 0.057 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / R split: 0.623 |
-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B6V 解像度: 1.8→20.639 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.85
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.639 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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