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万見
- PDB-6g9z: Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9z
タイトルCrystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) crystallized at P212121 space group, with visible extended fragment of N-terminus
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / phosphoramidase / desulfurase / tumour suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / cytoskeleton / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Dolot, R.M. / Seda, A. / Nawrot, B.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differences in crystal packing as the key factor for stabilization of the N-terminal fragment of hHINT1 protein
著者: Dolot, R.M. / Seda, A. / Nawrot, B.C.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年4月18日ID: 5O8G
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7823
ポリマ－27,6482
非ポリマー1341
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.075, 63.379, 76.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 % / 解説: Plates of typical dimensions 0.6 x 0.35 x 0.05 mm
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M MMT Buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→39.52 Å / Num. obs: 40954 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 8.78
反射 シェル解像度: 1.43→1.51 Å / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 6294 / CC1/2: 0.833 / Rrim(I) all: 0.821 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2


解像度: 1.43→39.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 4.23 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27726 2041 5 %RANDOM
Rwork0.22362 ---
obs0.2263 38759 95.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→39.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1841 0 9 401 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0152069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.7472817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.611.7214460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6765276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44219.06264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0915321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4121510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1180.7251053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1170.7241054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3231.0891346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3231.0891346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9270.9051016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9280.9031013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5591.2791470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.38811.5382395
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.69810.1142267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.45733959
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.8015213
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.11354085
LS精密化 シェル解像度: 1.427→1.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 146 -
Rwork0.419 2778 -
obs--94.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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