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- PDB-6g9e: Crystal structure of immunomodulatory active chitinase from Trich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9e
タイトルCrystal structure of immunomodulatory active chitinase from Trichuris suis - TsES1 - 6 molecules in ASU
要素Immunomodulatory active chitinase
キーワードHYDROLASE / TsES1 / immunomodulatory potential / chitinase / Eukaryotic protein expression / LEXSY / secretion / dimer / intramolecular disulphide bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitin-binding type-2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trichuris suis (豚鞭虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Balster, K. / Hartmann, S. / Weiss, M.S. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J Immunol Res / 年: 2021
タイトル: A Helminth-Derived Chitinase Structurally Similar to Mammalian Chitinase Displays Immunomodulatory Properties in Inflammatory Lung Disease.
著者: Ebner, F. / Lindner, K. / Janek, K. / Niewienda, A. / Malecki, P.H. / Weiss, M.S. / Sutherland, T.E. / Heuser, A. / Kuhl, A.A. / Zentek, J. / Hofmann, A. / Hartmann, S.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunomodulatory active chitinase
B: Immunomodulatory active chitinase
C: Immunomodulatory active chitinase
D: Immunomodulatory active chitinase
E: Immunomodulatory active chitinase
F: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,58411
ポリマ－333,2746
非ポリマー3105
水8,161453
1
A: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6082
ポリマ－55,5461
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6082
ポリマ－55,5461
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6703
ポリマ－55,5461
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6082
ポリマ－55,5461
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Immunomodulatory active chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5461
ポリマ－55,5461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Immunomodulatory active chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5461
ポリマ－55,5461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.063, 172.618, 138.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-684-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Immunomodulatory active chitinase


分子量: 55545.691 Da / 分子数: 6 / 断片: TsES1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichuris suis (豚鞭虫) / 遺伝子: M513_10624 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A085LU44
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris, 200mM Magnesium chloride hexahydrate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月3日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→45.61 Å / Num. obs: 110673 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.83 Å2 / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.69-2.743.71.30349520.4880.7671.51789.5
14.75-45.613.40.0666860.9910.0410.07995.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hbf

5hbf


解像度: 2.69→45.61 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 1103 1 %
Rwork0.1925 --
obs0.193 110597 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.97 Å2 / Biso mean: 43.0582 Å2 / Biso min: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17772 0 20 455 18247
Biso mean--54.99 35.4 -
残基数----2208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.69-2.81560.37181460.30331313995
2.8156-2.9640.32161430.26351369399
2.964-3.14960.27171490.252513717100
3.1496-3.39280.2881930.22881367799
3.3928-3.7340.25141040.18671374199
3.734-4.2740.21141380.157513819100
4.274-5.38340.1803950.14121382599
5.3834-45.610.20471350.16981388399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3924 Å / Origin y: 5.3288 Å / Origin z: 130.6447 Å
111213212223313233
T0.228 Å20.011 Å20.0427 Å2-0.2429 Å20.0009 Å2--0.2258 Å2
L0.5704 °20.0419 °20.0179 °2-0.3468 °2-0.0174 °2--0.2552 °2
S0.0099 Å °-0.1475 Å °0.0174 Å °0.1066 Å °-0.0045 Å °-0.0304 Å °-0.0105 Å °0.0152 Å °-0.0055 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA32 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1allB32 - 399
3X-RAY DIFFRACTION1allC32 - 399
4X-RAY DIFFRACTION1allD32 - 399
5X-RAY DIFFRACTION1allE32 - 399
6X-RAY DIFFRACTION1allF32 - 399
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 474
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allH2
10X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 5
11X-RAY DIFFRACTION1allH6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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