PDB-6g95: Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with thio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g95

タイトル

Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with thioridazine

要素

(Envelope glycoprotein) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Ebolavirus Glycoprotein /

Thioridazine (チオリダジン) / Protein drug complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum /

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell /

脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Ren, J. / Fry, E.E. / Xiao, J. / Townsend, A.R. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of Ebola Virus Glycoprotein Complexes with Tricyclic Antidepressant and Antipsychotic Drugs.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Fry, E.E. / Xiao, J. / Townsend, A.R. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g95.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g95.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/6g95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/6g95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g9bC 6g9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jq3-1 5jq7-1 6g9i-1 6hs4-1 6g9b-1 6f5u-1 6f6n-1 5jqb-1 6f6i-1 6f6s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.970, 113.970, 305.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP 分子量: 36302.719 Da / 分子数: 1 / 変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質	Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP 分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-RTZ / 10-{2-[(2R)-1-methylpiperidin-2-yl]ethyl}-2-(methylsulfanyl)-10H-phenothiazine / 2-(メチルチオ)-10-[2-[(2R)-1-メチル-2-ピペリジニル]エチル]-10H-フェノチアジン分子量: 370.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆N₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 9% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→82.9 Å / Num. obs: 33894 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 35.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1662 / CC_1/2: 0.67 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

解像度: 2.31→51.971 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	1652	4.88 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.185	33886	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→51.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3001	0	167	94	3262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	4509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.09	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.378	0.3389	129	0.2903	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.378-2.4548	0.2774	118	0.2458	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4548-2.5425	0.2651	137	0.2233	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5425-2.6443	0.2733	151	0.205	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6443-2.7646	0.2975	134	0.2137	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7646-2.9104	0.2513	148	0.2002	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9104-3.0927	0.2554	149	0.2053	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0927-3.3314	0.2636	130	0.1925	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3314-3.6666	0.2278	134	0.1746	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6666-4.197	0.1529	117	0.1572	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.197-5.2869	0.1461	136	0.1508	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2869-51.9841	0.217	169	0.1989	2824	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.196	-4.8898	5.5168	4.6794	-5.2029	5.8398	-0.2577	-1.1763	-1.215	1.3609	0.9168	0.3139	0.0881	-1.6409	-0.4423	1.0174	0.0535	0.0476	0.7634	0.0062	0.6616	-57.4258	11.4427	0.7621
2	3.7875	5.1114	-3.6765	9.2923	-1.9116	7.9948	-0.1678	-0.9935	-1.503	1.4363	-0.0346	-0.5391	0.7959	0.0393	0.0939	0.7219	0.0195	0.1584	0.5702	0.0497	0.7507	-59.5447	19.0029	5.7536
3	2.5669	0.3712	0.098	4.8904	4.3661	3.9292	-0.1453	-0.0437	0.1378	0.0006	0.4414	-0.8223	0.3476	0.886	-0.1692	0.7086	0.0346	0.0208	0.4846	0.079	0.5536	-51.2785	13.3623	-10.9402
4	2.2557	-0.5426	-0.6744	2.6486	0.9221	3.223	-0.0065	0.2963	-0.1497	-0.3835	-0.0985	0.1026	0.3131	-0.199	0.1089	0.5372	-0.0361	0.034	0.357	-0.0129	0.3952	-56.2553	12.3192	-29.1627
5	0.607	-0.5206	-0.921	4.6584	2.5553	3.0806	-0.1872	0.233	-0.0743	-0.2467	0.2309	-0.5995	0.6461	0.7117	-0.1769	0.5168	0.1065	0.0063	0.528	0.0183	0.5355	-48.0951	9.367	-21.424
6	3.6199	-4.4994	-3.5323	6.9947	2.1742	7.7771	-0.0205	0.2731	-0.2248	-0.5007	-0.0747	0.2956	0.4749	-0.3163	0.3729	0.9841	-0.0472	-0.013	0.5912	-0.058	0.5859	-56.9432	0.3606	-40.6989
7	6.6709	-0.8726	-1.7028	6.4792	1.48	9.2527	-0.6409	0.1119	-0.7374	0.0818	0.4079	-0.2284	1.2155	0.2434	0.1726	1.0625	0.0504	0.1617	0.5382	-0.0714	0.6361	-45.1901	-5.6012	-38.8769
8	8.9782	1.1355	-0.7625	3.4657	1.4955	6.4528	-1.1406	0.7449	-1.3893	-0.8078	0.3302	-1.0934	1.3188	-0.0837	0.5558	1.6679	0.0414	0.2917	0.7336	-0.2442	0.8283	-46.2553	-9.4163	-46.5098
9	0.0281	0.0245	-0.0765	6.4444	5.4087	4.6411	-0.3166	0.177	-0.0979	0.5412	0.2316	0.5226	0.8237	0.5391	-0.028	1.6767	0.1788	0.0258	0.8504	-0.0857	0.9693	-45.0734	-11.802	-31.5109
10	5.8801	3.3982	-1.2848	5.2239	-2.3427	5.3368	-0.0703	0.0191	-0.3933	0.2041	0.0931	-0.0135	0.5791	-0.2085	-0.0084	0.6626	0.0544	0.0554	0.4706	-0.006	0.5404	-51.3785	4.8796	-10.4647
11	0.4391	-0.2728	0.528	4.3908	1.7762	3.3722	0.4388	-0.8275	-1.103	2.0209	0.6859	1.2227	1.5855	0.4187	-0.8058	1.0257	0.2576	0.0393	1.2635	0.3239	1.7747	-33.0105	26.6172	-13.0432
12	1.72	0.5998	0.0751	1.6667	-0.438	2.1072	0.0231	-0.0222	-0.0275	0.0719	-0.112	-0.0694	0.2393	0.0316	0.0727	0.525	0.0042	0.0179	0.4086	0.001	0.4408	-51.0785	16.6228	-14.2487
13	5.7045	-0.1346	-0.1191	6.1194	3.8784	7.3391	-0.0463	-0.9966	-0.3823	1.1012	-0.0239	0.7536	0.9546	-0.9628	0.1796	0.6731	0.0211	0.0666	0.577	0.0849	0.5395	-60.5217	27.2286	8.1165
14	2.7055	1.6444	-0.7274	2.8318	1.4761	2.1486	0.8547	1.0202	1.0712	-1.1714	-1.0917	-1.7179	-0.2665	-2.3416	0.763	1.865	0.2541	-0.1422	1.895	0.0167	1.3217	-49.781	31.4978	37.3049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 176 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 177 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 237 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 238 through 262 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 263 through 282 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 283 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 502 through 520 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 521 through 530 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 531 through 583 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 584 through 612 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 613 through 631 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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