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- PDB-6g6s: Crystal structure of human Acinus RNA recognition motif domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g6s
タイトルCrystal structure of human Acinus RNA recognition motif domain
要素Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Acinus / apoptosis / RRM domain / splicing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ASAP complex / apoptotic chromosome condensation / positive regulation of monocyte differentiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / erythrocyte differentiation / mRNA processing / nucleic acid binding / nuclear speck ...ASAP complex / apoptotic chromosome condensation / positive regulation of monocyte differentiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / erythrocyte differentiation / mRNA processing / nucleic acid binding / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acin1, RNSP1-SAP18 binding (RSB) motif / Acinus, RNA recognition motif / RNSP1-SAP18 binding (RSB) motif / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fernandes, H. / Czapinska, H. / Grudziaz, K. / Bujnicki, J.M. / Nowacka, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre (NCN)2012/04/S/NZ1/00729 to MN ポーランド
引用ジャーナル: PeerJ / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of human Acinus RNA recognition motif domain.
著者: Fernandes, H. / Czapinska, H. / Grudziaz, K. / Bujnicki, J.M. / Nowacka, M.
履歴
登録2018年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus
B: Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3462
ポリマ－21,3462
非ポリマー00
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.359, 67.911, 80.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apoptotic chromatin condensation inducer in the nucleus / Acinus


分子量: 10673.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACIN1, ACINUS, KIAA0670 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKV3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→80.07 Å / Num. obs: 19003 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 4.76 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
4.91-80.0746.18640.9990.024197.7
3.49-4.946.7314550.9990.029199.5
2.85-3.4834.9418480.9990.044199.6
2.47-2.8423.1121590.9970.072199.8
2.21-2.4616.7316260.9940.103166.9
2.02-2.211.5326560.9910.1531100
1.87-2.016.2420640.9740.277171
1.75-1.863.3131000.9070.5211100
1.65-1.741.9732280.7430.864198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x1f

2x1f


解像度: 1.65→80.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.445 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 947 5 %RANDOM
Rwork0.1852 ---
obs0.1872 18053 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 54.33 Å2 / Biso mean: 22.967 Å2 / Biso min: 13.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→80.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 0 194 1674
Biso mean---30.17 -
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.9462079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02733301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9415190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.1723.82468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19315261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.541158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02317
LS精密化 シェル解像度: 1.648→1.69 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 66 -
Rwork0.29 1398 -
all-1464 -
obs--96.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6111-0.22020.09531.220.04430.86780.06710.05310.0621-0.0969-0.0378-0.010.10890.0423-0.02930.0720.01680.01950.0130.0050.012412.17795.66413.0264
23.22010.12970.6681.4689-0.04812.79970.0185-0.0093-0.0461-0.0081-0.03970.14140.093-0.17450.02130.0117-0.0198-0.00850.03590.0080.023919.6115-10.642915.3797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1006 - 1100
2X-RAY DIFFRACTION2B1008 - 1098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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