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万見
- PDB-6g63: RNase E in complex with sRNA RrpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g63
タイトルRNase E in complex with sRNA RrpA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • Ribonuclease E
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNase E / small regulatory RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 5'-end processing / bacterial degradosome / ribonuclease E / ribonuclease E activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process ...rRNA 5'-end processing / bacterial degradosome / ribonuclease E / ribonuclease E activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / protein complex oligomerization / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / molecular adaptor activity / protein homotetramerization / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family ...Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Bandyra, K.B. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Substrate Recognition and Autoinhibition in the Central Ribonuclease RNase E.
著者: Bandyra, K.J. / Wandzik, J.M. / Luisi, B.F.
履歴
登録2018年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月31日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 2.02024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02025年12月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease E
G: Ribonuclease E
L: Ribonuclease E
N: Ribonuclease E
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,4958
ポリマ－238,0405
非ポリマー4553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18660 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area102260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.630, 110.630, 466.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease E / RNase E


分子量: 57495.465 Da / 分子数: 4 / 変異: D303R,D346R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: rne, ams, hmp1, b1084, JW1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21513, ribonuclease E
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 8057.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Because of the low resolution, we modelled the RNA structure as two chains in a duplex of polyU:polyA. The sequence of the RNA used in the crystal is ...詳細: Because of the low resolution, we modelled the RNA structure as two chains in a duplex of polyU:polyA. The sequence of the RNA used in the crystal is ACGGUUAUAAAUCAACACAUUGAUUUAUAAGCAUGGAAAUCCCCUGAGUGAAACAACGAAUUGCUGUGUGUAGUCUUUGCCCGUCUCCUACGAUGGGCUUUUUUUU
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M KCl, 0.01 M MgCl2, 0.05 M Tris-HCl pH 8.5 and 30% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→95.8 Å / Num. obs: 28217 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.95→4.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.95→19.947 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 1371 4.92 %
Rwork0.2747 --
obs0.2757 27869 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.95→19.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15642 504 2 0 16148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01222300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.79410141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9501-4.09010.36661470.36552647X-RAY DIFFRACTION100
4.0901-4.25230.29981520.30812634X-RAY DIFFRACTION100
4.2523-4.44380.28921350.27162643X-RAY DIFFRACTION100
4.4438-4.67530.30211320.25172629X-RAY DIFFRACTION100
4.6753-4.9640.24531290.27382661X-RAY DIFFRACTION100
4.964-5.34040.38131330.29852672X-RAY DIFFRACTION100
5.3404-5.86540.32171260.2832662X-RAY DIFFRACTION100
5.8654-6.6860.33451540.32542622X-RAY DIFFRACTION100
6.686-8.32070.34311520.30512658X-RAY DIFFRACTION100
8.3207-19.94690.22151110.2272670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66340.01580.3904-0.69760.58930.86681.58491.7710.62330.5390.53950.5887-1.2919-1.5827-1.20744.95030.110.3526.09170.72533.7841-42.1366-3.5297-2.2766
21.32271.636-0.93811.53220.0460.4596-0.1533-0.47051.04350.91151.1554-0.6835-2.26180.7148-0.53075.42350.59-0.08823.6951-0.01713.979116.499533.61220.0835
31.63180.4034-1.13640.94050.57382.5754-0.5726-1.8932-1.1136-1.35060.2855-0.7075-0.23682.1654-0.27573.80960.11920.07844.68170.2734.146637.866-47.4112-33.519
41.34511.36081.10021.17350.32465.3279-1.0795-0.21691.0413-1.4572-0.64620.09452.1816-0.05031.26833.9373-0.2239-0.1353.16140.05223.888422.4411-56.876431.4593
52.5248-0.39020.61293.13651.70162.5494-1.2712-0.0816-0.5912-0.32461.0872-0.00820.6999-1.9356-0.62382.53430.8272-0.63891.96530.20662.1197-19.2825-2.1493-22.6854
63.0552-0.99542.49022.63560.0263.84650.3037-0.4402-0.1908-0.75940.26950.7102-0.5869-1.4269-0.36412.00740.875-0.07791.4427-0.05681.3576-7.40933.6202-5.1581
73.127-1.19710.67622.793-1.81194.7764-0.0423-0.3856-0.3588-1.2107-0.278-0.20620.04132.6063-0.81282.55760.8985-0.34651.5959-0.88012.919211.496415.503620.5746
81.8942-0.1427-0.64754.62752.65744.93040.1442-0.04880.2714-0.51570.4897-0.6134-1.195-0.227-0.46662.54610.8306-0.31111.00350.07031.60270.44728.23622.9218
94.23340.1052-0.45668.11081.28684.20970.42770.10120.3942-0.5063-0.07541.13850.81470.4390.17963.2880.897-0.59021.5657-0.33381.514710.0246-47.2181-25.2733
101.26521.52520.56942.44531.27323.193-0.08460.0309-0.1893-0.13310.4678-0.1440.48080.1792-0.40412.00580.7614-0.36321.2532-0.19341.330120.7469-40.0418-6.905
112.0379-0.89291.85492.71291.26365.67490.30740.97540.9280.99770.6178-1.13561.26270.9573-0.71142.78621.1169-0.02062.0039-0.22731.513136.1008-32.233122.9302
123.16840.41061.96741.01611.12293.29750.3765-0.4314-0.4538-0.07880.2805-0.27460.43230.2385-0.54882.11430.6658-0.18941.1246-0.0521.317324.4986-37.88724.6067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 211 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 33 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 33 through 211 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'N' and (resid 33 through 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 3 through 32 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 212 through 510 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 3 through 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 212 through 510 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 3 through 32 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 212 through 510 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'N' and (resid 3 through 32 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'N' and (resid 212 through 510 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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