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Yorodumi- PDB-6g60: Choline sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti cocrystal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g60 | |||||||||
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Title | Choline sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti cocrystalized with choline | |||||||||
Components | Choline-sulfatase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Choline-sulfatase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information choline biosynthetic process / choline-sulfatase / choline-sulfatase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.84 Å | |||||||||
Authors | Martinez-Rodriguez, S. / Camara-Artigas, A. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding. Authors: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g60.cif.gz | 816.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g60.ent.gz | 679.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6g60_validation.pdf.gz | 481.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6g60_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | Display | |
Data in XML | 6g60_validation.xml.gz | 79.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6g60_validation.cif.gz | 116.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g60 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58148.066 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: betC, R00949, SMc00127 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: O69787, choline-sulfatase #2: Chemical | ChemComp-CHT / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 1.0 M Lithium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.84→103.45 Å / Num. obs: 411516 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 563519 / Scaling rejects: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84→75.183 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 20.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.68 Å2 / Biso mean: 34.0352 Å2 / Biso min: 13.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.84→75.183 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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