PDB-6fny: CRYSTAL STRUCTURE OF A CHOLINE SULFATASE FROM SINORHIZOBIUM MELLILOTI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fny

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A CHOLINE SULFATASE FROM SINORHIZOBIUM MELLILOTI

要素

Choline-sulfatase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

choline biosynthetic process / choline-sulfatase / choline-sulfatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Valkov, E. / Van Loo, B. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural and Mechanistic Analysis of the Choline Sulfatase from Sinorhizobium melliloti: A Class I Sulfatase Specific for an Alkyl Sulfate Ester.
著者: van Loo, B. / Schober, M. / Valkov, E. / Heberlein, M. / Bornberg-Bauer, E. / Faber, K. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2018年2月28日	ID: 4UG4
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fny.cif.gz	836.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fny.ent.gz	692 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ug4-1 6g60-3 4ug4-3 6g60-1 4ug4-2 1z4z-1 1z4y-1 1z50-1 2ffv-3 4qsz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline-sulfatase

B: Choline-sulfatase

C: Choline-sulfatase

D: Choline-sulfatase

E: Choline-sulfatase

F: Choline-sulfatase

G: Choline-sulfatase

H: Choline-sulfatase

ヘテロ分子

471 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Choline-sulfatase

C: Choline-sulfatase

F: Choline-sulfatase

G: Choline-sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS analysis indicated tetramer in solution
235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Choline-sulfatase

D: Choline-sulfatase

E: Choline-sulfatase

H: Choline-sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.556, 163.248, 177.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Choline-sulfatase 分子量: 58809.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 / 遺伝子: betC, R00949, SMc00127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O69787, choline-sulfatase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 800 MM SODIUM CITRATE, 100 MM IMIDAZOLE (PH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→95.55 Å / Num. obs: 167730 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.79→2.84 Å / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→88.55 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2522	8431	5.03 %	random selection
R_work	0.2046	-	-	-
obs	0.207	167641	99.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→88.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32994	0	8	1713	34715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	33924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	46202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.558	28166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	4832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7903-2.822	0.3581	230	0.3005	4434	X-RAY DIFFRACTION	83
2.822-2.8552	0.3528	274	0.2817	5340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8552-2.89	0.3664	316	0.271	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.9266	0.3203	291	0.2661	5374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9266-2.9651	0.3205	270	0.2614	5308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0058	0.299	294	0.2455	5278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0058-3.0487	0.2954	294	0.2498	5333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0487-3.0942	0.3257	258	0.2508	5326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0942-3.1426	0.3359	266	0.2626	5353	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1426-3.1941	0.312	281	0.2562	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1941-3.2492	0.2931	290	0.2367	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2492-3.3082	0.2809	300	0.2216	5317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3082-3.3719	0.275	290	0.2132	5312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3719-3.4407	0.268	273	0.2066	5338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4407-3.5155	0.276	278	0.2073	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5155-3.5973	0.2457	274	0.1912	5325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5973-3.6873	0.2571	271	0.1904	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6873-3.787	0.2335	264	0.1878	5343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.787-3.8984	0.227	291	0.1815	5328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8984-4.0242	0.2201	252	0.1715	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0242-4.1681	0.2133	297	0.1672	5303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1681-4.3349	0.214	293	0.1682	5328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3349-4.5322	0.1806	279	0.161	5373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5322-4.7711	0.2068	296	0.1669	5317	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7711-5.07	0.2261	302	0.1725	5340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-5.4615	0.2134	251	0.1793	5396	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4615-6.011	0.2269	308	0.1864	5323	X-RAY DIFFRACTION	100
6.011-6.8805	0.2139	268	0.1904	5388	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8805-8.6675	0.2215	292	0.1934	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6675-88.595	0.2117	288	0.2078	5430	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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