PDB-6g4g: Full length ectodomain of ectonucleotide phosphodiesterase/pyroph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g4g

タイトル

Full length ectodomain of ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase-3 (NPP3) including the SMB domains but with a partially disordered active site structure

要素

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

キーワード

HYDROLASE / enzyme / ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase / complex / zinc / SMB / PDE

機能・相同性

機能・相同性情報

basophil activation involved in immune response / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / phosphodiesterase I / dinucleotide phosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / regulation of smooth muscle cell differentiation / negative regulation of mast cell proliferation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dohler, C. / Zebisch, M. / Strater, N.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystallization of ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase-3 and orientation of the SMB domains in the full-length ectodomain.
著者: Dohler, C. / Zebisch, M. / Krinke, D. / Robitzki, A. / Strater, N.

履歴

登録	2018年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g4g.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g4g.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g4g_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g4g_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	6g4g_validation.xml.gz	101 KB	表示
CIF形式データ	6g4g_validation.cif.gz	137.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xr9S 6f2t S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c02-2 6c01-1 6wet-1 6weu-1 6c02-1 6wfj-1 5gz4-d 6wew-1 6wev-1 6wev-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

C: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

D: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

ヘテロ分子

387 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
97.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.360, 116.300, 124.160
Angle α, β, γ (deg.)	86.77, 87.76, 88.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3 / E-NPP 3 / B10 / Phosphodiesterase I beta / PD-Ibeta / Phosphodiesterase I/nucleotide ...

分子量: 95575.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp3, Pdnp3 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): kindney / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P97675, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.8 % / 解説: irregular shape
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M tri-ammonium citrate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, grown after 3 month

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日 / 詳細: 2 MIRRORS AND A DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: KMC-1, Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.22 Å / Num. obs: 68486 / % possible obs: 65.2 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 67.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.239
反射シェル	解像度: 2.8→3.04 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.268 / % possible all: 14.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
DIALS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XR9

2xr9

解像度: 2.8→47.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / R_factor R_free error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.436

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	3360	4.91 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	68479	65.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5791 Å²	1.6881 Å²	0.7407 Å²
2-	-	-5.3613 Å²	0.6213 Å²
3-	-	-	7.9404 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24474	0	312	0	24786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	25542	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.16	34768	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		8684	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		629	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3649	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25542	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.92
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3287	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		28770	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	-	5.68 %
R_work	0.28	730	-
all	0.282	774	-
obs	-	-	9.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9607	0.0586	-0.0194	0.8439	-0.3969	3.7827	-0.0784	0.2458	-0.1676	-0.2634	0.058	0.0973	0.0032	-0.715	0.0204	-0.0995	0.0651	0.1009	0.1378	-0.0085	0.1962	-11.03	14.9361	39.9113
2	0.4183	0.0251	-1.2019	0.4982	-0.4806	4.3709	0.1727	0.1755	0.2121	-0.0338	0.1592	0.116	0.5803	-0.9432	-0.3319	0.1778	-0.0471	-0.0397	0.1639	0.2915	0.2816	-4.9651	89.4724	121.2906
3	1.1915	-0.5564	0.401	1.1361	0.0293	2.8526	-0.3145	-0.1798	0.3768	0.0962	0.1354	-0.3667	0.1125	0.3156	0.1792	0.3162	0.05	-0.0433	-0.1485	0.0201	0.2293	24.925	71.6534	60.5555
4	0.7044	0.2469	-0.3114	0.6723	0.3895	2.7217	-0.0715	0.1089	-0.1478	0.1282	0.1083	-0.2187	-0.2839	0.1927	-0.0369	0.096	0.0729	0.0438	0.0768	0.0062	0.205	24.2864	30.6701	96.2645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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