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万見
- PDB-6g44: Crystal structure of mavirus major capsid protein lacking the C-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g44
タイトルCrystal structure of mavirus major capsid protein lacking the C-terminal domain
要素Putative major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / double jelly-roll / capsid protein / virus
機能・相同性: / Major capsid protein V20 C-terminal domain / Putative major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Born, D. / Reuter, L. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Capsid protein structure, self-assembly, and processing reveal morphogenesis of the marine virophage mavirus.
著者: Born, D. / Reuter, L. / Mersdorf, U. / Mueller, M. / Fischer, M.G. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,94734
ポリマ－171,0173
非ポリマー2,93031
水30,4991693
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31850 Å2
ΔGint-508 kcal/mol
Surface area52220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.190, 132.580, 135.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative major capsid protein


分子量: 57005.684 Da / 分子数: 3 / 変異: wildtype residues 517-606 were deleted / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
遺伝子: MV18, Mvrk_gpp18 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: A0A1L4BK98
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, 1.2 - 1.7 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.33 Å / Num. obs: 372727 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.575 % / Biso Wilson estimate: 23.515 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.65.550.413.95651830.8910.45299.7
1.6-1.75.3920.265.9505310.950.28899.2
1.7-1.85.5780.1758.56402330.9750.19399.9
1.8-25.7620.11612.33582520.9880.12899.7
2-2.55.6260.07917.4766960.9930.08799.6
2.5-35.5790.06820.67340970.9940.07599.6
3-45.5360.06223.23272880.9950.06999.7
4-65.3330.0624.34142210.9950.06699.8
6-85.5950.05826.2835290.9950.06499.6
8-105.8160.0627.2812890.9930.06699.6
10-125.6870.05727.275790.9950.06399.8
12-155.4990.05726.583970.9950.06399.7
15-205.3490.05726.392490.9950.064100
20-47.334.4810.06423.91830.9760.07390.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G43

6g43


解像度: 1.5→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1829 18637 5 %RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs0.1658 354090 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.7 Å2 / Biso mean: 17.596 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11840 0 167 1693 13700
Biso mean--25.97 28.59 -
残基数----1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.98117414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.918327665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16351695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50825.382550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.807152186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.4811552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022384
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1372 -
Rwork0.237 26056 -
all-27428 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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