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万見
- PDB-6g43: Crystal structure of SeMet-labeled mavirus major capsid protein l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g43
タイトルCrystal structure of SeMet-labeled mavirus major capsid protein lacking the C-terminal domain
要素Putative major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / double jelly-roll / capsid protein / virus
機能・相同性: / Major capsid protein V20 C-terminal domain / Putative major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Born, D. / Reuter, L. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Capsid protein structure, self-assembly, and processing reveal morphogenesis of the marine virophage mavirus.
著者: Born, D. / Reuter, L. / Mersdorf, U. / Mueller, M. / Fischer, M.G. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,4093
ポリマ－173,4093
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.350, 135.300, 136.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 516 / Label seq-ID: 6 - 520

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.002781, -0.001373, 0.999995), (-0.999996, 6.4E-5, 0.002782), (-6.8E-5, -0.999999, -0.001373)-0.94578, 135.008102, 136.083755
3given(0.002446, -0.999997, -0.000356), (-0.002627, 0.00035, -0.999996), (0.999994, 0.002447, -0.002626)135.090836, 136.233185, 0.86951

-
要素

#1: タンパク質 Putative major capsid protein


分子量: 57802.895 Da / 分子数: 3 / 変異: wildtype residues 517-606 were deleted / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
遺伝子: MV18, Mvrk_gpp18 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: A0A1L4BK98
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, 1.2 - 1.7 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 188659 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.816 % / Biso Wilson estimate: 37.223 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.42 / Net I/σ(I): 20.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.513.3230.6095.51217230.9310.633100
2.5-2.613.620.4927.18185080.9590.511100
2.6-2.713.5270.3839.03159620.9750.398100
2.7-2.814.3570.31211.31136250.9830.323100
2.8-314.3390.22914.41222610.9910.238100
3-3.213.6310.16318.2170070.9950.169100
3.2-3.814.0320.10225.92320350.9980.106100
3.8-413.8160.07831.1468480.9980.081100
4-613.6660.06137.74286350.9990.063100
6-813.8760.05640.1869900.9990.059100
8-1013.9960.04549.1524860.9990.047100
10-1212.8370.04151.6910950.9990.042100
12-1513.6390.03954.267360.9990.041100
15-2015.4620.03956.8943910.04100
20-4814.2690.04156.583090.9990.04393.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.775 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.206
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 4902 5 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2145 93137 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.45 Å2 / Biso mean: 31.291 Å2 / Biso min: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11925 0 0 175 12100
Biso mean---22.7 -
残基数----1545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01912177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0210.0211640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.98116545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.889326850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.53451542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16825.367531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.694151914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3611548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022679
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7855 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.210.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.220.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.180.5
1AMEDIUM THERMAL0.652
2BMEDIUM THERMAL0.552
3CMEDIUM THERMAL0.582
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 359 -
Rwork0.306 6825 -
all-7184 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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