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- PDB-6g41: Crystal structure of SeMet-labeled mavirus penton protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g41
タイトルCrystal structure of SeMet-labeled mavirus penton protein
要素Minor capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / single jelly-roll / capsid protein / virus
機能・相同性Minor capsid protein
機能・相同性情報
生物種Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Born, D. / Reuter, L. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Capsid protein structure, self-assembly, and processing reveal morphogenesis of the marine virophage mavirus.
著者: Born, D. / Reuter, L. / Mersdorf, U. / Mueller, M. / Fischer, M.G. / Meinhart, A. / Reinstein, J.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Minor capsid protein
B: Minor capsid protein
C: Minor capsid protein
D: Minor capsid protein
E: Minor capsid protein
F: Minor capsid protein
G: Minor capsid protein
H: Minor capsid protein
I: Minor capsid protein
J: Minor capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,56010
ポリマ－358,56010
非ポリマー00
水00
1
A: Minor capsid protein
B: Minor capsid protein
C: Minor capsid protein
D: Minor capsid protein
E: Minor capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,2805
ポリマ－179,2805
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Minor capsid protein
G: Minor capsid protein
H: Minor capsid protein
I: Minor capsid protein
J: Minor capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,2805
ポリマ－179,2805
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.790, 94.330, 156.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
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31C
41D
51E
12A
22B
32C
42D
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23H
33I
43J
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44I
54J
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17A
27B
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47D
57E
18F
28G
38H
48I
58J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPROAA3 - 2157 - 219
21GLNGLNPROPROBB3 - 2157 - 219
31GLNGLNPROPROCC3 - 2157 - 219
41GLNGLNPROPRODD3 - 2157 - 219
51GLNGLNPROPROEE3 - 2157 - 219
12ASPASPARGARGAA225 - 250229 - 254
22ASPASPARGARGBB225 - 250229 - 254
32ASPASPARGARGCC225 - 250229 - 254
42ASPASPARGARGDD225 - 250229 - 254
52ASPASPARGARGEE225 - 250229 - 254
13GLNGLNPROPROFF3 - 2157 - 219
23GLNGLNPROPROHH3 - 2157 - 219
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43GLNGLNPROPROJJ3 - 2157 - 219
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34ASPASPARGARGHH225 - 250229 - 254
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54ASPASPARGARGJJ225 - 250229 - 254
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25GLNGLNSERSERGG3 - 137 - 17
16PROPROPROPROFF27 - 21531 - 219
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17TYRTYRSERSERAA258 - 301262 - 305
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NCSアンサンブル:
ID
1
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8

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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2given(0.327349, -0.941111, -0.084569), (0.940585, 0.333092, -0.065946), (0.090232, -0.057957, 0.994233)62.222301, 11.88653, 0.6587
3given(-0.806549, -0.589525, -0.044037), (0.589288, -0.795818, -0.139333), (0.047095, -0.13833, 0.989266)70.533867, 70.950027, 5.61544
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6given(1), (1), (1)
7given(0.313043, -0.946047, -0.083654), (0.946021, 0.318392, -0.060583), (0.083949, -0.060173, 0.994652)62.695621, 11.16856, 0.92102
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15given(1), (1), (1)
16given(0.299809, -0.953083, 0.041806), (0.953901, 0.30012, 0.00121), (-0.0137, 0.039516, 0.999125)58.413639, 4.66703, -1.37363
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20given(1), (1), (1)
21given(0.322489, -0.945924, 0.035045), (0.946497, 0.321773, -0.0246), (0.011994, 0.041103, 0.999083)58.415249, 6.67576, -1.85969
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25given(0.330947, -0.939918, -0.083835), (0.94021, 0.336015, -0.055667), (0.080492, -0.0604, 0.994924)62.089199, 10.23598, 0.93728
26given(-0.804128, -0.592978, -0.041894), (0.592413, -0.793533, -0.139111), (0.049246, -0.136682, 0.98939)70.254349, 70.90358, 5.51001
27given(-0.812955, 0.581517, 0.030697), (-0.579614, -0.80296, -0.138934), (-0.056144, -0.130739, 0.989826)17.90254, 99.271393, 7.5784
28given(0.300185, 0.951106, 0.072712), (-0.950039, 0.304941, -0.066613), (-0.085529, -0.049083, 0.995126)-28.41437, 57.842831, 4.63064
29given(1), (1), (1)
30given(0.298031, -0.95353, 0.044249), (0.954525, 0.298075, -0.005767), (-0.007691, 0.043955, 0.999004)58.257439, 5.28976, -1.55472
31given(-0.810552, -0.58307, 0.055095), (0.585107, -0.810298, 0.032665), (0.025597, 0.058713, 0.997947)71.643883, 62.044949, -3.05589
32given(-0.800868, 0.598148, 0.028803), (-0.596571, -0.801092, 0.048526), (0.052099, 0.02168, 0.998407)20.56568, 93.149712, -2.06638
33given(0.320926, 0.947023, -0.012432), (-0.946266, 0.321167, 0.037849), (0.039837, -0.000383, 0.999206)-22.75128, 53.395229, -0.94205

-
要素

#1: タンパク質
Minor capsid protein


分子量: 35855.984 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)
遺伝子: MV17, Mvrk_gpp17 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: A0A1L4BKA3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.37 M NaCl, 24% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.09 Å / Num. obs: 163213 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 20.938 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.148 / Net I/σ(I): 19.04 / Num. measured all: 3417378 / Scaling rejects: 7314
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-319.9910.6825.4931420115875157170.9570.799
3-3.220.3510.458.352632226130258620.9820.46199
3.2-3.321.9310.32311.8123488610797107100.9910.33199.2
3.3-3.422.0210.26213.68209327957895060.9930.26899.2
3.4-3.521.950.23415.64185742853084620.9940.2499.2
3.5-3.621.7610.19717.42162030748874460.9950.20299.4
3.6-3.821.4680.16719.7427627512931128690.9960.17199.5
3.8-420.1460.14521.6120868810405103590.9970.14899.6
4-521.2790.1226.664653430517303830.9980.12399.6
5-620.3080.10528.3127303513500134450.9980.10799.6
6-1020.8220.0931.6830216414547145120.9990.09299.8
10-49.0919.8310.06840.9378174399739420.9990.0798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 19.064 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 4171 5 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2171 79241 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 163.85 Å2 / Biso mean: 69.559 Å2 / Biso min: 31.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å2-1.52 Å2
2--5.04 Å20 Å2
3----3.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24476 0 0 0 24476
残基数----2976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01925038
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0223032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.95333979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859353047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17452960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13625.2041370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.032154148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0851599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0228572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026011
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3356MEDIUM POSITIONAL0.450.5
12B3356MEDIUM POSITIONAL0.370.5
13C3356MEDIUM POSITIONAL0.380.5
14D3356MEDIUM POSITIONAL0.390.5
15E3356MEDIUM POSITIONAL0.380.5
11A3356MEDIUM THERMAL18.032
12B3356MEDIUM THERMAL9.222
13C3356MEDIUM THERMAL10.262
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15E3356MEDIUM THERMAL9.632
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22B426MEDIUM POSITIONAL0.250.5
23C426MEDIUM POSITIONAL0.270.5
24D426MEDIUM POSITIONAL0.380.5
25E426MEDIUM POSITIONAL0.310.5
21A426MEDIUM THERMAL14.542
22B426MEDIUM THERMAL8.682
23C426MEDIUM THERMAL7.432
24D426MEDIUM THERMAL11.692
25E426MEDIUM THERMAL10.222
31F3356MEDIUM POSITIONAL0.320.5
32H3356MEDIUM POSITIONAL0.330.5
33I3356MEDIUM POSITIONAL0.360.5
34J3356MEDIUM POSITIONAL0.330.5
31F3356MEDIUM THERMAL7.912
32H3356MEDIUM THERMAL7.082
33I3356MEDIUM THERMAL6.442
34J3356MEDIUM THERMAL6.172
41F426MEDIUM POSITIONAL0.220.5
42G426MEDIUM POSITIONAL0.280.5
43H426MEDIUM POSITIONAL0.360.5
44I426MEDIUM POSITIONAL0.320.5
45J426MEDIUM POSITIONAL0.410.5
41F426MEDIUM THERMAL6.052
42G426MEDIUM THERMAL6.12
43H426MEDIUM THERMAL4.852
44I426MEDIUM THERMAL5.282
45J426MEDIUM THERMAL6.172
51F192MEDIUM POSITIONAL0.350.5
51F192MEDIUM THERMAL10.292
61F2954MEDIUM POSITIONAL0.240.5
61F2954MEDIUM THERMAL8.832
71A744MEDIUM POSITIONAL0.390.5
72B744MEDIUM POSITIONAL0.340.5
73C744MEDIUM POSITIONAL0.420.5
74D744MEDIUM POSITIONAL0.450.5
75E744MEDIUM POSITIONAL0.340.5
71A744MEDIUM THERMAL17.232
72B744MEDIUM THERMAL7.932
73C744MEDIUM THERMAL9.882
74D744MEDIUM THERMAL12.742
75E744MEDIUM THERMAL6.132
81F744MEDIUM POSITIONAL0.350.5
82G744MEDIUM POSITIONAL0.390.5
83H744MEDIUM POSITIONAL0.270.5
84I744MEDIUM POSITIONAL0.360.5
85J744MEDIUM POSITIONAL0.350.5
81F744MEDIUM THERMAL4.682
82G744MEDIUM THERMAL10.652
83H744MEDIUM THERMAL4.922
84I744MEDIUM THERMAL4.942
85J744MEDIUM THERMAL7.622
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 305 -
Rwork0.333 5794 -
all-6099 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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