PDB-6g41: Crystal structure of SeMet-labeled mavirus penton protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g41

タイトル

Crystal structure of SeMet-labeled mavirus penton protein

要素

Minor capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / single jelly-roll / capsid protein / virus

機能・相同性

Minor capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Born, D. / Reuter, L. / Meinhart, A. / Reinstein, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Capsid protein structure, self-assembly, and processing reveal morphogenesis of the marine virophage mavirus.
著者: Born, D. / Reuter, L. / Mersdorf, U. / Mueller, M. / Fischer, M.G. / Meinhart, A. / Reinstein, J.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	6g41_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g41	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6g42C 6g43C 6g44C 6g45C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g42-d 10901 4fg9-3 2cjf-d 1ybg-d 1gqo-2 1ejd-3 1vpn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Minor capsid protein

B: Minor capsid protein

C: Minor capsid protein

D: Minor capsid protein

E: Minor capsid protein

F: Minor capsid protein

G: Minor capsid protein

H: Minor capsid protein

I: Minor capsid protein

J: Minor capsid protein

359 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Minor capsid protein

B: Minor capsid protein

C: Minor capsid protein

D: Minor capsid protein

E: Minor capsid protein

登録者が定義した集合体
179 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Minor capsid protein

G: Minor capsid protein

H: Minor capsid protein

I: Minor capsid protein

J: Minor capsid protein

登録者が定義した集合体
179 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.790, 94.330, 156.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 215
2	1	1	4	B	3 - 215
3	1	1	4	C	3 - 215
4	1	1	4	D	3 - 215
5	1	1	4	E	3 - 215
1	1	2	4	A	225 - 250
2	1	2	4	B	225 - 250
3	1	2	4	C	225 - 250
4	1	2	4	D	225 - 250
5	1	2	4	E	225 - 250
1	1	3	4	F	3 - 215
2	1	3	4	H	3 - 215
3	1	3	4	I	3 - 215
4	1	3	4	J	3 - 215
1	1	4	4	F	225 - 250
2	1	4	4	G	225 - 250
3	1	4	4	H	225 - 250
4	1	4	4	I	225 - 250
5	1	4	4	J	225 - 250
1	1	5	4	F	3 - 13
2	1	5	4	G	3 - 13
1	1	6	4	F	27 - 215
2	1	6	4	G	27 - 215
1	1	7	4	A	258 - 301
2	1	7	4	B	258 - 301
3	1	7	4	C	258 - 301
4	1	7	4	D	258 - 301
5	1	7	4	E	258 - 301
1	1	8	4	F	258 - 301
2	1	8	4	G	258 - 301
3	1	8	4	H	258 - 301
4	1	8	4	I	258 - 301
5	1	8	4	J	258 - 301

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.327349, -0.941111, -0.084569), (0.940585, 0.333092, -0.065946), (0.090232, -0.057957, 0.994233)	62.222301, 11.88653, 0.6587
3	given	(-0.806549, -0.589525, -0.044037), (0.589288, -0.795818, -0.139333), (0.047095, -0.13833, 0.989266)	70.533867, 70.950027, 5.61544
4	given	(-0.813403, 0.581142, 0.025502), (-0.577858, -0.802221, -0.150074), (-0.066756, -0.136807, 0.988346)	18.71711, 101.082077, 8.09099
5	given	(0.3108, 0.948159, 0.066318), (-0.946421, 0.315157, -0.070448), (-0.087697, -0.040869, 0.995309)	-27.56621, 57.749809, 4.19412
6	given	(1), (1), (1)
7	given	(0.313043, -0.946047, -0.083654), (0.946021, 0.318392, -0.060583), (0.083949, -0.060173, 0.994652)	62.695621, 11.16856, 0.92102
8	given	(-0.816061, -0.576099, -0.046423), (0.576655, -0.806172, -0.132495), (0.038905, -0.134894, 0.990096)	70.732933, 70.343277, 5.48408
9	given	(-0.803522, 0.594809, 0.023549), (-0.591956, -0.794244, -0.136988), (-0.062778, -0.124013, 0.990293)	18.33736, 98.690231, 7.2496
10	given	(0.317118, 0.945934, 0.06816), (-0.94484, 0.321325, -0.063467), (-0.081937, -0.044274, 0.995654)	-27.84165, 56.310181, 4.23269
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(-0.810399, -0.583731, 0.050108), (0.585656, -0.809479, 0.041845), (0.016135, 0.063257, 0.997867)	72.136238, 61.21756, -3.21274
13	given	(-0.808479, 0.587346, 0.037223), (-0.586012, -0.809254, 0.041212), (0.054329, 0.011506, 0.998457)	20.77, 94.035683, -1.41724
14	given	(0.318684, 0.947799, -0.010873), (-0.946967, 0.318861, 0.039761), (0.041152, -0.002374, 0.99915)	-22.83761, 53.414539, -0.87573
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(0.299809, -0.953083, 0.041806), (0.953901, 0.30012, 0.00121), (-0.0137, 0.039516, 0.999125)	58.413639, 4.66703, -1.37363
17	given	(-0.811232, -0.582461, 0.051403), (0.584277, -0.810912, 0.032287), (0.022877, 0.056226, 0.998156)	72.046494, 62.11932, -2.92647
18	given	(-0.805529, 0.591878, 0.028338), (-0.589713, -0.805426, 0.059388), (0.057975, 0.031127, 0.997833)	21.17259, 92.375679, -2.82103
19	given	(0.321597, 0.946873, -0.002591), (-0.946017, 0.321421, 0.041728), (0.040344, -0.010969, 0.999126)	-23.567511, 53.008362, -0.47878
20	given	(1), (1), (1)
21	given	(0.322489, -0.945924, 0.035045), (0.946497, 0.321773, -0.0246), (0.011994, 0.041103, 0.999083)	58.415249, 6.67576, -1.85969
22	given	(1), (1), (1)
23	given	(0.311589, -0.949093, 0.046198), (0.950112, 0.311909, -0.000282), (-0.014142, 0.043981, 0.998932)	57.686661, 4.4485, -1.42399
24	given	(1), (1), (1)
25	given	(0.330947, -0.939918, -0.083835), (0.94021, 0.336015, -0.055667), (0.080492, -0.0604, 0.994924)	62.089199, 10.23598, 0.93728
26	given	(-0.804128, -0.592978, -0.041894), (0.592413, -0.793533, -0.139111), (0.049246, -0.136682, 0.98939)	70.254349, 70.90358, 5.51001
27	given	(-0.812955, 0.581517, 0.030697), (-0.579614, -0.80296, -0.138934), (-0.056144, -0.130739, 0.989826)	17.90254, 99.271393, 7.5784
28	given	(0.300185, 0.951106, 0.072712), (-0.950039, 0.304941, -0.066613), (-0.085529, -0.049083, 0.995126)	-28.41437, 57.842831, 4.63064
29	given	(1), (1), (1)
30	given	(0.298031, -0.95353, 0.044249), (0.954525, 0.298075, -0.005767), (-0.007691, 0.043955, 0.999004)	58.257439, 5.28976, -1.55472
31	given	(-0.810552, -0.58307, 0.055095), (0.585107, -0.810298, 0.032665), (0.025597, 0.058713, 0.997947)	71.643883, 62.044949, -3.05589
32	given	(-0.800868, 0.598148, 0.028803), (-0.596571, -0.801092, 0.048526), (0.052099, 0.02168, 0.998407)	20.56568, 93.149712, -2.06638
33	given	(0.320926, 0.947023, -0.012432), (-0.946266, 0.321167, 0.037849), (0.039837, -0.000383, 0.999206)	-22.75128, 53.395229, -0.94205

#1: タンパク質	Minor capsid protein 分子量: 35855.984 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cafeteriavirus-dependent mavirus (ウイルス) 遺伝子: MV17, Mvrk_gpp17 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: A0A1L4BKA3

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.37 M NaCl, 24% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→49.09 Å / Num. obs: 163213 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 20.938 % / B_iso Wilson estimate: 60 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 1.148 / Net I/σ(I): 19.04 / Num. measured all: 3417378 / Scaling rejects: 7314

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.9-3	19.991	0.682	5.49	314201	15875	15717	0.957	0.7	99
3-3.2	20.351	0.45	8.3	526322	26130	25862	0.982	0.461	99
3.2-3.3	21.931	0.323	11.81	234886	10797	10710	0.991	0.331	99.2
3.3-3.4	22.021	0.262	13.68	209327	9578	9506	0.993	0.268	99.2
3.4-3.5	21.95	0.234	15.64	185742	8530	8462	0.994	0.24	99.2
3.5-3.6	21.761	0.197	17.42	162030	7488	7446	0.995	0.202	99.4
3.6-3.8	21.468	0.167	19.74	276275	12931	12869	0.996	0.171	99.5
3.8-4	20.146	0.145	21.61	208688	10405	10359	0.997	0.148	99.6
4-5	21.279	0.12	26.6	646534	30517	30383	0.998	0.123	99.6
5-6	20.308	0.105	28.31	273035	13500	13445	0.998	0.107	99.6
6-10	20.822	0.09	31.68	302164	14547	14512	0.999	0.092	99.8
10-49.09	19.831	0.068	40.93	78174	3997	3942	0.999	0.07	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 19.064 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2695	4171	5 %	RANDOM
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.2171	79241	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.85 Å² / B_iso mean: 69.559 Å² / B_iso min: 31.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.32 Å²	0 Å²	-1.52 Å²
2-	-	5.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24476	0	0	0	24476
残基数	-	-	-	-	2976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	25038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	23032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.953	33979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	53047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.174	5	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.136	25.204	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.032	15	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.085	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	28572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6011

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
1	2	B	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
1	3	C	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
1	4	D	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
1	5	E	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
1	1	A	3356	MEDIUM THERMAL	18.03	2
1	2	B	3356	MEDIUM THERMAL	9.22	2
1	3	C	3356	MEDIUM THERMAL	10.26	2
1	4	D	3356	MEDIUM THERMAL	20.99	2
1	5	E	3356	MEDIUM THERMAL	9.63	2
2	1	A	426	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
2	2	B	426	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	3	C	426	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
2	4	D	426	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
2	5	E	426	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
2	1	A	426	MEDIUM THERMAL	14.54	2
2	2	B	426	MEDIUM THERMAL	8.68	2
2	3	C	426	MEDIUM THERMAL	7.43	2
2	4	D	426	MEDIUM THERMAL	11.69	2
2	5	E	426	MEDIUM THERMAL	10.22	2
3	1	F	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
3	2	H	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
3	3	I	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
3	4	J	3356	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
3	1	F	3356	MEDIUM THERMAL	7.91	2
3	2	H	3356	MEDIUM THERMAL	7.08	2
3	3	I	3356	MEDIUM THERMAL	6.44	2
3	4	J	3356	MEDIUM THERMAL	6.17	2
4	1	F	426	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
4	2	G	426	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
4	3	H	426	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
4	4	I	426	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
4	5	J	426	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
4	1	F	426	MEDIUM THERMAL	6.05	2
4	2	G	426	MEDIUM THERMAL	6.1	2
4	3	H	426	MEDIUM THERMAL	4.85	2
4	4	I	426	MEDIUM THERMAL	5.28	2
4	5	J	426	MEDIUM THERMAL	6.17	2
5	1	F	192	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
5	1	F	192	MEDIUM THERMAL	10.29	2
6	1	F	2954	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
6	1	F	2954	MEDIUM THERMAL	8.83	2
7	1	A	744	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
7	2	B	744	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
7	3	C	744	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
7	4	D	744	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
7	5	E	744	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
7	1	A	744	MEDIUM THERMAL	17.23	2
7	2	B	744	MEDIUM THERMAL	7.93	2
7	3	C	744	MEDIUM THERMAL	9.88	2
7	4	D	744	MEDIUM THERMAL	12.74	2
7	5	E	744	MEDIUM THERMAL	6.13	2
8	1	F	744	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
8	2	G	744	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
8	3	H	744	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
8	4	I	744	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
8	5	J	744	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
8	1	F	744	MEDIUM THERMAL	4.68	2
8	2	G	744	MEDIUM THERMAL	10.65	2
8	3	H	744	MEDIUM THERMAL	4.92	2
8	4	I	744	MEDIUM THERMAL	4.94	2
8	5	J	744	MEDIUM THERMAL	7.62	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	305	-
R_work	0.333	5794	-
all	-	6099	-
obs	-	-	98.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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