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- PDB-6g3b: AvaII restriction endonuclease in complex with an RNA/DNA hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3b
タイトルAvaII restriction endonuclease in complex with an RNA/DNA hybrid
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*UP*G)-3')
  • Type II site-specific deoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE / RESTRICTION ENDONUCLEASE / SCANNING COMPLEX / RNA/DNA HYBRID / RNA/DNA HETERODUPLEX / A-DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type II restriction endonuclease SinI / SinI restriction endonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Type II site-specific deoxyribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kisiala, M. / Kowalska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
資金援助 ポーランド, 6件
組織認可番号国
UMO-2011/02/A/NZ1/00052 ポーランド
UMO-2014/13/B/NZ1/03991 ポーランド
UMO-2014/14/M/NZ5/00558 ポーランド
0295/B/PO1/2008/34 ポーランド
N N301 425038 ポーランド
N N301 028 934 ポーランド
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Restriction endonucleases that cleave RNA/DNA heteroduplexes bind dsDNA in A-like conformation
著者: Kisiala, M. / Kowalska, M. / Pastor, M. / Korza, H. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Sequence-specific cleavage of RNA by Type II restriction enzymes.
著者: Murray, I.A. / Stickel, S.K. / Roberts, R.J.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of type II restriction endonuclease EcoO109I and its complex with cognate DNA.
著者: Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Imasaki, T. / Kato, M. / Shichijo, N. / Kita, K. / Sato, M.
履歴
登録2018年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II site-specific deoxyribonuclease
B: Type II site-specific deoxyribonuclease
C: RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*UP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1794
ポリマ－61,1794
非ポリマー00
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.680, 104.050, 78.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type II site-specific deoxyribonuclease / AvaII restriction endonuclease


分子量: 27161.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
遺伝子: alr0933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8YYB7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*UP*G)-3')


分子量: 3546.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3309.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% W/V PEG 20000, 20% V/V PEG MME 550, 0.02 M Na-Formate; 0.02 M NH4-Acetate; 0.02 M Na3-Citrate; 0.02 M NaK-Tartrate (racemic); 0.02 M Na-Oxamate AND 0.1 M MOPS/HEPES-NA, PH 7.5, GLYCEROL ...詳細: 10% W/V PEG 20000, 20% V/V PEG MME 550, 0.02 M Na-Formate; 0.02 M NH4-Acetate; 0.02 M Na3-Citrate; 0.02 M NaK-Tartrate (racemic); 0.02 M Na-Oxamate AND 0.1 M MOPS/HEPES-NA, PH 7.5, GLYCEROL WAS ADDED FOR CRYOPROTECTION
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→52.025 Å / Num. obs: 53209 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 42.229 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 12.96
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 4000 / CC1/2: 0.57 / Rrim(I) all: 0.798 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→52.025 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.85
詳細: The register and the strand assignment of the RNA/DNA heteroduplex is unsure. It is plausible that the observed density corresponds to the average of the heteroduplexes bound in multiple ...詳細: The register and the strand assignment of the RNA/DNA heteroduplex is unsure. It is plausible that the observed density corresponds to the average of the heteroduplexes bound in multiple different registers. The sequence assignment is based on the known sequence specificity of AvaII endonuclease but remains very tentative. The density for the 166-176 fragments of both enzyme protomers is very poor. TLS refinement has been used. Hydrogens have been added in the riding positions. Group B-factor refinement has been used for the RNA/DNA molecule.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 2665 5.01 %RANDOM
Rwork0.1675 ---
obs0.1694 53174 95.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→52.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3587 454 0 277 4318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0244880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3076742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.911917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83270.31041260.28652700X-RAY DIFFRACTION97
1.8327-1.8680.26961410.26372700X-RAY DIFFRACTION97
1.868-1.90610.30281320.24492709X-RAY DIFFRACTION97
1.9061-1.94750.28321600.22692674X-RAY DIFFRACTION97
1.9475-1.99280.2121530.20292639X-RAY DIFFRACTION95
1.9928-2.04270.26071240.19492753X-RAY DIFFRACTION99
2.0427-2.09790.21091500.18922743X-RAY DIFFRACTION98
2.0979-2.15960.20521320.18422697X-RAY DIFFRACTION98
2.1596-2.22940.21671420.17952732X-RAY DIFFRACTION97
2.2294-2.3090.24251380.1712659X-RAY DIFFRACTION96
2.309-2.40150.21871390.1682678X-RAY DIFFRACTION96
2.4015-2.51080.22311480.16912709X-RAY DIFFRACTION97
2.5108-2.64310.21841300.16892651X-RAY DIFFRACTION96
2.6431-2.80870.21141420.16812629X-RAY DIFFRACTION95
2.8087-3.02560.23861290.17512578X-RAY DIFFRACTION92
3.0256-3.330.22971430.1632627X-RAY DIFFRACTION95
3.33-3.81170.18061410.14452605X-RAY DIFFRACTION93
3.8117-4.80190.1661520.13682503X-RAY DIFFRACTION90
4.8019-52.04670.17691430.17172523X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.843-0.10110.08680.61690.64461.04630.0222-0.27070.0134-0.02790.0039-0.0322-0.01940.0524-00.2371-0.02670.01750.23170.00940.212423.927929.743454.7461
20.48140.2934-0.38150.8685-0.65161.23990.0368-0.24290.02640.0062-0.09130.0074-0.03630.10960.00010.17640.0174-0.01780.2279-0.00030.204323.6098-6.400353.4922
33.64693.06691.91013.07620.86482.8627-0.339-0.773-0.5590.42350.4745-0.31090.00330.0277-0.02040.7387-0.1018-0.00961.3491-0.04171.327223.725812.139458.1172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' or chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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