PDB-6g2u: Crystal structure of the human glutamate dehydrogenase 2 (hGDH2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g2u

タイトル

Crystal structure of the human glutamate dehydrogenase 2 (hGDH2)

要素

Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamate / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / L-leucine binding / glutamate metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / Glutamate and glutamine metabolism / L-glutamate catabolic process / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.93428699014 Å

データ登録者

Fadouloglou, V.F. / Dimovasili, C. / Providaki, M. / Kotsifaki, D. / Sarrou, I. / Plaitakis, A. / Zaganas, I. / Kokkinidis, M.

資金援助

ギリシャ, 1件

引用

ジャーナル: J.Neurochem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of glutamate dehydrogenase 2, a positively selected novel human enzyme involved in brain biology and cancer pathophysiology.
著者: Dimovasili, C. / Fadouloglou, V.E. / Kefala, A. / Providaki, M. / Kotsifaki, D. / Kanavouras, K. / Sarrou, I. / Plaitakis, A. / Zaganas, I. / Kokkinidis, M.

履歴

登録	2018年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g2u.cif.gz	721.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g2u.ent.gz	490.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g2u_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g2u_full_validation.pdf.gz	497.6 KB	表示
XML形式データ	6g2u_validation.xml.gz	116.6 KB	表示
CIF形式データ	6g2u_validation.cif.gz	162.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1l1fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6whi-d 7jzx-d 6vqv-d 7jzw-d 8367 6b45-d 7jzz-d 6uh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

B: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

C: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

D: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

E: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

F: Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

340 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.795, 149.304, 433.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-819- HOH
2	1	E-816- HOH
3	1	E-978- HOH

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 2, mitochondrial / GDH 2 分子量: 56129.641 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Our construct lacks the 53 N-terminal residues which correspond to a leader peptide 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLUD2, GLUDP1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P49448, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, MPD, NaCl, sodium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.93→48.15 Å / Num. obs: 83838 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 55.5027904224 Å² / R_rim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.93→3.09 Å / 冗長度: 12.7 % / Num. unique obs: 11344 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L1F

1l1f

解像度: 2.93428699014→47.6510455293 Å / SU ML: 0.403303580834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89429104804 / 位相誤差: 25.7425355641
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248811017326	8056	5.00428619349 %
R_work	0.192935363307	152926	-
obs	0.195747385819	160982	98.5835451177 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.3493357802 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.93428699014→47.6510455293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22381	0	155	1624	24160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00164080845126	22969
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.387069077385	30970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0391925073968	3280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00348148519433	4041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.72304611035	13576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9343-2.9676	0.506501764239	155	0.400252919982	3006	X-RAY DIFFRACTION	58.4937083642
2.9676-3.0025	0.353406642201	271	0.284694065091	5250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0025-3.0391	0.329771847438	269	0.2853641937	5153	X-RAY DIFFRACTION	99.9262808699
3.0391-3.0776	0.34441247883	267	0.287695996189	5102	X-RAY DIFFRACTION	99.8697916667
3.0776-3.1181	0.340230658788	275	0.286090939062	5225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1181-3.1608	0.322761096063	268	0.274803669954	5112	X-RAY DIFFRACTION	99.9257057949
3.1608-3.2059	0.300034216519	280	0.274198043214	5276	X-RAY DIFFRACTION	99.9820046788
3.2059-3.2538	0.355181089654	263	0.264570282395	5067	X-RAY DIFFRACTION	99.9812417933
3.2538-3.3046	0.336962086789	271	0.251136527034	5225	X-RAY DIFFRACTION	99.9636231357
3.3046-3.3588	0.299806232602	267	0.220246092183	5135	X-RAY DIFFRACTION	99.9814917638
3.3588-3.4167	0.294266736992	275	0.223301830689	5191	X-RAY DIFFRACTION	99.9451453648
3.4167-3.4788	0.306074718825	267	0.215300675283	5155	X-RAY DIFFRACTION	99.9262808699
3.4788-3.5457	0.253563680109	276	0.208205970228	5197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5457-3.618	0.270727561717	271	0.207931919947	5143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.618-3.6967	0.237341871111	273	0.203649901044	5224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6967-3.7826	0.237174381496	272	0.177869300349	5099	X-RAY DIFFRACTION	99.8884136135
3.7826-3.8772	0.233997744393	272	0.167879104522	5204	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8772-3.982	0.186657728692	277	0.161645779115	5145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.982-4.0991	0.222307617907	271	0.160087377819	5133	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0991-4.2313	0.219988211259	279	0.159778716051	5211	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2313-4.3824	0.219263614384	273	0.154897974393	5243	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3824-4.5578	0.208861707535	270	0.146416178405	5106	X-RAY DIFFRACTION	99.9628114541
4.5578-4.765	0.23004060526	274	0.15258161465	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
4.765-5.016	0.213854336882	271	0.158629707388	5156	X-RAY DIFFRACTION	100
5.016-5.3299	0.217643603554	281	0.17187805477	5229	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3299-5.7408	0.257659110051	278	0.185880943049	5112	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7408-6.3173	0.228211903589	272	0.18449120659	5170	X-RAY DIFFRACTION	99.9632623071
6.3173-7.2287	0.23840315693	271	0.182404304894	5156	X-RAY DIFFRACTION	99.9631608031
7.2287-9.097	0.226225204525	268	0.16044135848	5173	X-RAY DIFFRACTION	100
9.097-47.6573	0.207158754123	279	0.198761466361	5166	X-RAY DIFFRACTION	99.4338933528

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