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- PDB-6uh5: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uh5
タイトルStructural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
要素
  • (DNA (146-MER)) x 2
  • (Histone H2B) x 2
  • Bre2
  • H3 N-terminus
  • Histone H2A
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
  • Sdc1
  • Spp1
  • Swd1
  • Swd3
  • Ubiquitin
キーワードTRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Complex / methyltransferase / chromatin / epigenetics / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development ...[histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / : / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / neuron projection morphogenesis / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / regulation of mitochondrial membrane potential / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / : / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase, RNA-binding domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N ...Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / : / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase, RNA-binding domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / Spp1/CFP1 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Zinc finger PHD-type profile. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Zinc finger, PHD-finger / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Histone H2A/H2B/H3 / Ubiquitin conserved site / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B / Ubiquitin B / Histone H2B 1.1 / Polyubiquitin-B / Histone H4 / Histone H3.2 ...S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B / Ubiquitin B / Histone H2B 1.1 / Polyubiquitin-B / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific / KLLA0E24487p / KLLA0E03521p / KLLA0D07260p / KLLA0C10945p / KLLA0A08800p / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Kluyveromyces lactis (酵母)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hsu, P.L. / Shi, H. / Zheng, N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of H2B Ubiquitination-Dependent H3K4 Methylation by COMPASS.
著者: Peter L Hsu / Hui Shi / Calvin Leonen / Jianming Kang / Champak Chatterjee / Ning Zheng /
要旨: The COMPASS (complex of proteins associated with Set1) complex represents the prototype of the SET1/MLL family of methyltransferases that controls gene transcription by H3K4 methylation (H3K4me). ...The COMPASS (complex of proteins associated with Set1) complex represents the prototype of the SET1/MLL family of methyltransferases that controls gene transcription by H3K4 methylation (H3K4me). Although H2B monoubiquitination (H2Bub) is well known as a prerequisite histone mark for COMPASS activity, how H2Bub activates COMPASS remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of an extended COMPASS catalytic module (CM) bound to the H2Bub and free nucleosome. The COMPASS CM clamps onto the nucleosome disk-face via an extensive interface to capture the flexible H3 N-terminal tail. The interface also sandwiches a critical Set1 arginine-rich motif (ARM) that autoinhibits COMPASS. Unexpectedly, without enhancing COMPASS-nucleosome interaction, H2Bub activates the enzymatic assembly by packing against Swd1 and alleviating the inhibitory effect of the Set1 ARM upon fastening it to the acidic patch. By delineating the spatial configuration of the COMPASS-H2Bub-nucleosome assembly, our studies establish the structural framework for understanding the long-studied H2Bub-H3K4me histone modification crosstalk.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.42025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20767
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: DNA (146-MER)
J: DNA (146-MER)
K: Swd3
M: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
N: Swd1
Q: Ubiquitin
R: H3 N-terminus
X: Spp1
L: Bre2
O: Sdc1
P: Sdc1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,12421
ポリマ－437,66019
非ポリマー4642
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 12種, 16分子 AEBFCGDHKMNQXLOP

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 15275.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h3g, H3l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92133
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 11694.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13848.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18032686mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8FQ56, UniProt: P02281*PLUS
#5: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13822.060 Da / 分子数: 1 / Mutation: K120C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18032686mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8FQ56, UniProt: P02281*PLUS
#8: タンパク質 Swd3


分子量: 36458.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_E24487g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CLY5
#9: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific / COMPASS component SET1 / SET domain-containing protein 1


分子量: 31448.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: SET1, KLLA0F24134g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CIT4, histone-lysine N-methyltransferase
#10: タンパク質 Swd1


分子量: 49894.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_A08800g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CXF3
#11: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8622.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: G76C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39, UniProt: P0CG47*PLUS
#13: タンパク質 Spp1


分子量: 39297.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_D07260g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CRQ4
#14: タンパク質 Bre2


分子量: 47286.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_C10945g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CTQ1
#15: タンパク質 Sdc1


分子量: 14722.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_E03521g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CPN6

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#6: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 44825.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45305.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 R

#12: タンパク質・ペプチド H3 N-terminus


分子量: 936.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#16: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosomeCOMPLEX#1-#150MULTIPLE SOURCES
2nucleosomeCOMPLEX#1-#7, #121RECOMBINANT
3COMPASS eCMCOMPLEX#8-#10, #13-#151RECOMBINANT
4ubiquitinCOMPLEX#111RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
23Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)284590
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 74 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215199 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01125521
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.11635762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.89314343
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0634043
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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