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- PDB-6g2n: Crystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g2n
タイトルCrystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor PB-PAU
要素5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type
キーワードHYDROLASE / 5'-nucleotidase / dephosphorylation / phosphorylation / HAD-like / mitochondria / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleotide binding / dTMP catabolic process / pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / dCMP catabolic process / dGMP catabolic process / UMP catabolic process / nucleotidase activity / amide catabolic process / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism ...pyrimidine nucleotide binding / dTMP catabolic process / pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / dCMP catabolic process / dGMP catabolic process / UMP catabolic process / nucleotidase activity / amide catabolic process / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / IMP 5'-nucleotidase activity / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / dephosphorylation / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O84 / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pachl, P. / Rezacova, P. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic203-09-0820 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic15-05677S チェコ
Czech Science Foundation17-12703S チェコ
引用ジャーナル: Eur.J.Org.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-based optimization of bisphosphonate nucleoside inhibitors of human 5'(3')-deoxyribonucleotidases
著者: Pachl, P. / Simak, O. / Budesinsky, M. / Brynda, J. / Rosenberg, I. / Rezacova, P.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type
B: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8226
ポリマ－47,7412
非ポリマー1,0814
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.877, 47.231, 61.795
Angle α, β, γ (deg.)67.860, 88.690, 77.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type / Cytosolic 5' / 3'-pyrimidine nucleotidase / Deoxy-5'-nucleotidase 1 / dNT-1


分子量: 23870.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CME is beta-mercapto ethanol covalently bound to cystein residue
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C, DNT1, UMPH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TCD5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-O84 / [(2~{R},4~{a}~{R},6~{R},7~{a}~{R})-6-[2,4-bis(oxidanylidene)-5-[(~{E})-3-phosphonoprop-1-enyl]pyrimidin-1-yl]-2-phenyl-4~{a},6,7,7~{a}-tetrahydro-4~{H}-furo[3,2-d][1,3]dioxin-2-yl]phosphonic acid


分子量: 516.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: Morpheus H2, 0.1M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.02M of each amino acid,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→42.41 Å / Num. obs: 68116 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 2.22 % / Biso Wilson estimate: 27.42 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.84
反射 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 2.21 % / Num. unique obs: 11048 / CC1/2: 0.7414 / Rrim(I) all: 0.556 / % possible all: 87.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.546
最高解像度最低解像度
Rotation42.87 Å1.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YIH

4yih


解像度: 1.4→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 3.966 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0712 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2100 3.1 %RANDOM
Rwork0.1508 ---
obs0.1521 66015 87.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.88 Å2 / Biso mean: 27.295 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-1.14 Å20.09 Å2
2--1.7 Å20.22 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 70 294 3493
Biso mean--23.48 34.23 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.022.0014510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.96637010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.955386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.57422.346162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10915532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9611538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.10536341
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.0345194
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.00356355
LS精密化 シェル解像度: 1.404→1.441 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 155 -
Rwork0.346 4886 -
all-5041 -
obs--87.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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