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- PDB-6g2b: X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g2b
タイトルX-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 8
要素Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor / PWWP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation ...[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / NSD Cys-His rich domain / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, variant PHD zinc finger ...: / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / NSD Cys-His rich domain / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, variant PHD zinc finger / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger 1 / : / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(3-methyl-5-phenyl-imidazol-4-yl)pyridine / Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Boettcher, J. / Muellauer, B.J. / Weiss-Puxbaum, A. / Zoephel, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Fragment-based discovery of a chemical probe for the PWWP1 domain of NSD3.
著者: Bottcher, J. / Dilworth, D. / Reiser, U. / Neumuller, R.A. / Schleicher, M. / Petronczki, M. / Zeeb, M. / Mischerikow, N. / Allali-Hassani, A. / Szewczyk, M.M. / Li, F. / Kennedy, S. / ...著者: Bottcher, J. / Dilworth, D. / Reiser, U. / Neumuller, R.A. / Schleicher, M. / Petronczki, M. / Zeeb, M. / Mischerikow, N. / Allali-Hassani, A. / Szewczyk, M.M. / Li, F. / Kennedy, S. / Vedadi, M. / Barsyte-Lovejoy, D. / Brown, P.J. / Huber, K.V.M. / Rogers, C.M. / Wells, C.I. / Fedorov, O. / Rumpel, K. / Zoephel, A. / Mayer, M. / Wunberg, T. / Bose, D. / Zahn, S. / Arnhof, H. / Berger, H. / Reiser, C. / Hormann, A. / Krammer, T. / Corcokovic, M. / Sharps, B. / Winkler, S. / Haring, D. / Cockcroft, X.L. / Fuchs, J.E. / Mullauer, B. / Weiss-Puxbaum, A. / Gerstberger, T. / Boehmelt, G. / Vakoc, C.R. / Arrowsmith, C.H. / Pearson, M. / McConnell, D.B.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5072
ポリマ－16,2711
非ポリマー2351
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.895, 47.439, 64.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 / Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with ...Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with methyltransferase activity to lysine / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 1-like protein 1 / WHSC1-like protein 1


分子量: 16271.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSD3, WHSC1L1, DC28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZ95, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EH8 / 4-(3-methyl-5-phenyl-imidazol-4-yl)pyridine


分子量: 235.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.607→38.17 Å / Num. obs: 18102 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.607→1.613 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2609 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 0.824 / Rsym value: 0.944 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
BALBES位相決定
精密化解像度: 1.61→38.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.094
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 882 4.91 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 17961 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 117.72 Å2 / Biso mean: 30.78 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3804 Å20 Å20 Å2
2---4.3548 Å20 Å2
3---0.9745 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→38.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 18 140 1211
Biso mean--23.11 40.15 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d392SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes29HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes155HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1102HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion130SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1318SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1102HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1485HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.17
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 146 5.14 %
Rwork0.247 2696 -
all0.2482 2842 -
obs--99.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.0299 Å / Origin y: 9.5444 Å / Origin z: -12.8952 Å
111213212223313233
T-0.0635 Å2-0.0193 Å20.0008 Å2--0.078 Å20.0056 Å2---0.0652 Å2
L2.3866 °2-0.7547 °20.5041 °2-2.1776 °20.3657 °2--2.1963 °2
S-0.0544 Å °0.0083 Å °-0.015 Å °0.1137 Å °0.0351 Å °-0.1134 Å °0.0816 Å °-0.0836 Å °0.0193 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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