PDB-6g1n: Crystal structure of the Burkholderia Pseudomallei antitoxin HicB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g1n

タイトル

Crystal structure of the Burkholderia Pseudomallei antitoxin HicB

要素

antitoxin HicB

キーワード

ANTITOXIN / The antitoxin HicB which acts as an inhibitor to HicA

機能・相同性

HicB-like antitoxin of toxin-antitoxin system / HicB_like antitoxin of bacterial toxin-antitoxin system / TTHA1013/TTHA0281-like / HicB-like antitoxin of toxin-antitoxin system domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Winter, A.J. / Williams, C. / Crump, M.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: The molecular basis of protein toxin HicA-dependent binding of the protein antitoxin HicB to DNA.
著者: Ashley J Winter / Christopher Williams / Michail N Isupov / Hannah Crocker / Mariya Gromova / Philip Marsh / Oliver J Wilkinson / Mark S Dillingham / Nicholas J Harmer / Richard W Titball / Matthew P Crump /

要旨: Toxin-antitoxin (TA) systems are present in many bacteria and play important roles in bacterial growth, physiology, and pathogenicity. Those that are best studied are the type II TA systems, in which ...

履歴

登録	2018年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g1n.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g1n.ent.gz	193 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDD45C SASDD55C 6g1cSC 6g26C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1880 6ijh-d 6f2u-d 4llj-d 4yqh-d 5xc1-d 2oup-d 4lm1-d 4qdm-d 5uwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDD45associated SAS data, The SAXS data of the antitoxin HicB

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: antitoxin HicB

B: antitoxin HicB

C: antitoxin HicB

D: antitoxin HicB

ヘテロ分子

63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Analytical SEC showed a tetrameric association, native gel electrophoresis, Native mass spectrometry showed the presence of a tetramer in the gas phase, SAXS, SAXS showed the ...根拠: gel filtration, Analytical SEC showed a tetrameric association, native gel electrophoresis, Native mass spectrometry showed the presence of a tetramer in the gas phase, SAXS, SAXS showed the formation of a tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.580, 62.580, 173.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	antitoxin HicB 分子量: 15762.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: BPSS0391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63NA5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M NaOAc, 0.02M CaCl2.dH20 15% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.472 Å / Num. obs: 56223 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 57.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05854 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.84
反射シェル	解像度: 1.85→1.917 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 3.521 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 5547 / CC_1/2: 0.129 / R_rim(I) all: 3.962 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G1C

6g1c

解像度: 1.85→42.472 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	2712	4.86 %
R_work	0.203	-	-
obs	0.2049	55828	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	22	187	4329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.867	6121
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.264	2737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8504-1.8841	0.4657	110	0.459	2513	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8841-1.9203	0.4257	132	0.4257	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9203-1.9595	0.4293	136	0.3622	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9595-2.0021	0.38	140	0.3306	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0021-2.0487	0.3727	143	0.3	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0487-2.0999	0.3086	140	0.2747	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0999-2.1567	0.281	168	0.2577	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1567-2.2202	0.2928	155	0.2434	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2202-2.2918	0.2581	136	0.2317	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2918-2.3737	0.2896	176	0.2267	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3737-2.4688	0.2732	155	0.2242	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4688-2.5811	0.2582	139	0.2119	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5811-2.7172	0.301	152	0.2091	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7172-2.8874	0.2607	127	0.2279	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8874-3.1102	0.2598	148	0.2187	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1102-3.4231	0.2374	137	0.2135	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4231-3.9182	0.25	152	0.1864	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9182-4.9353	0.1665	122	0.1626	2852	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9353-42.4833	0.2051	144	0.1754	2835	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3311	0.3565	1.7465	3.9855	1.2822	7.9784	0.2482	-0.0405	0.1381	-0.0665	-0.1591	0.0937	-0.2498	-0.8528	-0.1232	0.3537	-0.0382	0.0444	0.4537	-0.0048	0.3966	54.7484	64.8159	19.8738
2	2.212	0.874	4.2063	3.3506	3.5006	8.4203	0.0745	-0.0805	-0.1207	0.3281	-0.0437	0.0303	0.6578	-0.1277	-0.0068	0.4833	-0.0953	0.0285	0.4817	0.019	0.4351	57.7624	55.1605	20.1482
3	5.2029	-4.0268	-0.9314	4.56	1.6108	4.1421	-0.4722	-0.7015	0.4227	0.2477	0.5125	-0.0964	-0.0224	0.0005	-0.0972	0.3784	0.0812	-0.0152	0.4297	-0.016	0.4295	80.7929	53.3168	11.8152
4	2.8349	0.157	-1.3682	3.3482	-2.5296	7.9333	-0.1623	-0.046	-0.0733	-0.0492	0.1976	-0.0715	0.8182	0.076	-0.075	0.4137	-0.045	0.0084	0.3331	-0.0423	0.3915	96.1308	23.4738	-20.0923
5	2.7934	0.8096	-2.6298	1.7825	-3.9135	7.9614	-0.0493	0.2832	-0.0495	-0.2737	0.127	0.2027	0.3572	-0.8947	-0.038	0.4543	-0.1254	-0.0103	0.4515	-0.024	0.4817	86.3793	26.2478	-20.4701
6	4.817	-4.1353	-1.8947	5.5211	-0.2082	5.0256	0.5148	0.378	0.0878	-0.8037	-0.5074	-0.3123	0.1095	0.1444	-0.0222	0.4548	0.0629	0.0026	0.4062	-0.0073	0.4337	84.1934	49.0722	-12.2958
7	8.945	0.1038	-2.0121	9.1172	-1.1256	8.5939	0.33	0.4241	-0.427	-0.0054	-0.0849	1.3085	0.8629	-1.0883	-0.151	0.4234	-0.0725	-0.0923	0.4261	-0.0717	0.3686	54.3347	55.3912	1.2076
8	4.2474	1.8633	-4.0487	3.9762	-2.6487	4.0117	-0.3486	-0.3468	-0.7531	-0.3468	-0.1985	-0.3303	1.0793	0.6101	0.4416	0.5477	0.0154	-0.0264	0.3712	-0.0127	0.4991	62.9846	54.3638	0.0911
9	6.2628	0.9956	-5.6009	0.1023	-0.7084	5.13	0.4033	0.1705	1.4436	0.3647	0.3821	0.2115	-0.5826	-0.8668	-0.5763	0.5579	0.1232	0.0751	0.5564	0.0283	0.6074	60.5681	69.656	-5.5943
10	2.1596	-1.996	-2.4952	2.7187	0.1412	7.1045	0.2408	-0.0484	-0.0811	-0.0655	-0.1828	-0.0558	-0.5226	-0.4067	-0.1628	0.3836	0.067	-0.1292	0.3736	-0.0815	0.3749	58.5105	63.4054	0.9699
11	6.6428	0.3296	1.16	3.4802	0.2918	4.2632	0.7195	1.762	-0.1037	-2.4161	-1.0214	0.181	0.1235	-0.248	0.2834	0.9196	0.4118	-0.0017	0.7569	0.0009	0.5108	82.5086	52.3002	-21.1107
12	7.1518	0.1213	0.8036	8.2671	1.307	7.9733	-0.1189	0.2593	-0.8423	0.2575	0.3342	0.647	0.8796	-1.0377	-0.1306	0.3949	-0.0748	0.081	0.373	0.0748	0.3527	86.6526	23.0474	-1.4848
13	3.0526	2.5681	2.6521	4.5795	5.521	8.8183	-0.0269	-0.3648	-0.0602	-0.111	-0.1812	0.2739	-0.3186	-0.9372	0.1178	0.325	0.0321	0.0101	0.3912	0.058	0.4245	88.2337	32.3294	1.6195
14	3.9137	-3.579	0.2302	4.1982	0.7896	8.1556	-0.046	-0.7135	-0.2178	0.5658	0.4157	-0.354	1.6528	0.3287	-0.261	0.7792	0.105	0.0447	0.5338	0.0581	0.5349	95.9218	17.8681	-1.4647
15	9.3535	5.7364	2.1995	6.1162	3.4468	8.5501	-0.0893	0.4918	0.5923	-0.2433	0.163	0.5596	-0.5015	0.9512	-0.1013	0.4843	-0.0153	0.0496	0.404	0.0749	0.4728	95.9787	31.7137	-4.2012
16	4.7333	-4.8833	-2.419	5.2934	3.094	3.523	-0.2746	-0.5239	1.6706	-0.0005	0.5442	-1.2069	-0.485	0.1001	-0.4856	0.5608	0.0447	-0.0308	0.4011	-0.0927	0.7827	91.6314	52.6873	11.5835
17	3.7086	-0.7701	0.0871	4.6851	-0.4095	2.1348	-0.8495	-2.4737	-0.5429	1.9524	0.7994	0.2621	0.7687	0.2164	0.0059	0.9697	0.4799	0.0745	1.1619	0.0076	0.5565	82.3511	49.6526	22.7137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 54 through 88 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 27 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 54 through 65 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 66 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 95 through 133 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 27 through 58 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 59 through 77 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 78 through 88 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 101 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 102 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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