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- PDB-6fzt: Crystal structure of Smad8_9-MH1 bound to the GGCGC site. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fzt
タイトルCrystal structure of Smad8_9-MH1 bound to the GGCGC site.
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 9
キーワードTRANSCRIPTION / Smads / transcription factor / DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SMAD protein complex / heteromeric SMAD protein complex / cellular response to BMP stimulus / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / I-SMAD binding / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell differentiation ...SMAD protein complex / heteromeric SMAD protein complex / cellular response to BMP stimulus / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / I-SMAD binding / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Kaczmarska, Z. / Marquez, J.A. / Macias, M.J.
資金援助 ドイツ, スペイン, フランス, 4件
組織認可番号国
European CommissionEMBL_291772 ドイツ
European CommissionIRBPostPro2.0_600404 スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53787-P スペイン
European Commission653706 フランス
引用ジャーナル: Computational and Structural Biotechnology Journal
年: 2021
タイトル: Unveiling the dimer/monomer propensities of Smad MH1-DNA complexes
著者: Ruiz, L. / Kaczmarska, Z. / Gomes, T. / Aragon, E. / Torner, C. / Freier, R. / Baginski, B. / Martin-Malpartida, P. / Marquez, J.A. / Cordeiro, T.N. / Pluta, R. / Macias, M.J.
履歴
登録2018年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _software.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 9
B: Mothers against decapentaplegic homolog 9
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4218
ポリマ－42,1064
非ポリマー3154
水2,216123
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 9
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

B: Mothers against decapentaplegic homolog 9
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,22110
ポリマ－51,9066
非ポリマー3154
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)75.433, 79.509, 88.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 9 / Mothers against DPP homolog 9 / Madh6 / SMAD family member 9 / Smad9


分子量: 16152.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD9, MADH6, MADH9, SMAD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15198
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M NaF, 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→59.11 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 74.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.46→2.63 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 791 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.55 / % possible all: 54.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FZS

6fzs


解像度: 2.46→59.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.461 / SU Rfree Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 766 4.85 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 15793 79.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0669 Å20 Å20 Å2
2---1.0548 Å20 Å2
3----1.012 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→59.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 656 14 123 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012857HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.044001HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d901SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes384HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2857HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion352SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2790SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.63 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 -3.94 %
Rwork0.237 756 -
all0.237 787 -
obs--22.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3124-0.0903-1.06071.1367-0.412.1046-0.0408-0.1479-0.11090.13950.05750.12960.1806-0.1514-0.01670.0337-0.03250.0303-0.0950.0389-0.1187-4.4627-10.2857-4.8382
22.73130.0515-1.95110.3477-0.0863.97870.0989-0.15260.27160.0302-0.02880.1426-0.3268-0.3154-0.0701-0.06340.03470.0243-0.0972-0.0702-0.0331-17.551833.098-18.7653
38.2157-4.4698-2.80416.6309-4.88194.6217-0.1523-0.4243-0.1511-0.80260.6337-0.3957-0.1386-0.6544-0.4814-0.2295-0.0455-0.0097-0.2975-0.1358-0.3922-14.135312.7866-10.4654
44.4405-3.7036-2.167716.6309-3.58719.3995-0.1322-0.6456-0.4243-0.45230.7052-0.62980.1763-0.4772-0.573-0.3115-0.1709-0.0419-0.3103-0.0044-0.2925-13.024810.2054-9.1349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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