PDB-6fzh: Crystal structure of a streptococcal dehydrogenase at 1.5 Angstro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fzh

タイトル

Crystal structure of a streptococcal dehydrogenase at 1.5 Angstroem resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Streptococcus pyogenes / GAPDH / NAD / dehydrogenase / anacardic acid / curcumin / complement / C5a / C3a / C3

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes MGAS8232 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gomez, S. / Querol-Garcia, J. / Sanchez-Barron, G. / Subias, M. / Gonzalez-Alsina, A. / Melchor-Tafur, C. / Franco-Hidalgo, V. / Alberti, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン,

ベルギー, 7件

組織	認可番号	国
Instituto de Salud Carlos III	PI12/01667	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	CTQ2015-66206-C2-2-R	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2015-72961-EXP	スペイン
Spanish Network of Excellence on Complement	SAF2016-81876-REDT	スペイン
Regional Government of Madrid	S2010/BD-2316	スペイン
Regional Government of Madrid	S2017/BMD-3673	スペイン
European Commission, FP7 Programme	ComplexINC (Contract No. 279039)	ベルギー

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: The Antimicrobials Anacardic Acid and Curcumin Are Not-Competitive Inhibitors of Gram-Positive Bacterial Pathogenic Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase by a Mechanism Unrelated to ...
著者: Gomez, S. / Querol-Garcia, J. / Sanchez-Barron, G. / Subias, M. / Gonzalez-Alsina, A. / Franco-Hidalgo, V. / Alberti, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fzh.cif.gz	288.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fzh.ent.gz	233.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fzh_validation.pdf.gz	1013.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fzh_full_validation.pdf.gz	1016.7 KB	表示
XML形式データ	6fzh_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	6fzh_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fziC 3lvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4boy-1 6fzi-d 5jye-d 3pym-1 3b20-2 3lc7-d 5ld5-d 2d2i-1 7jwk-d 3b20-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.266, 91.603, 106.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-336- LYS

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 35982.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS8232 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: gap, gapA, plr, spyM18_0261 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS 参照: UniProt: P68777, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M potassium nitrate, 22% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月16日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS IN KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY
放射	モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.13 Å / Num. obs: 122574 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.09 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.0598 / R_rim(I) all: 0.0707 / Net I/σ(I): 15.81
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 10880 / CC_1/2: 0.527 / R_rim(I) all: 0.642 / % possible all: 88.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	March 15, 2012	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LVF

3lvf

解像度: 1.5→44.13 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 15.53

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1628	5676	2.48 %	RANDOM SELETION
R_work	0.1483	-	-	-
obs	0.1487	122305	95.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5052	0	113	913	6078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	7560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.921	4932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.3192	132	0.3049	5465	X-RAY DIFFRACTION	70
1.5171-1.5349	0.3098	133	0.2841	5831	X-RAY DIFFRACTION	74
1.5349-1.5536	0.3279	165	0.2619	6041	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5536-1.5733	0.2344	171	0.2521	6356	X-RAY DIFFRACTION	82
1.5733-1.594	0.2783	183	0.2493	6802	X-RAY DIFFRACTION	86
1.594-1.6158	0.2107	212	0.2355	6903	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6158-1.6389	0.2483	168	0.2159	7280	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6389-1.6634	0.2062	192	0.1932	7778	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6634-1.6894	0.1903	191	0.191	7749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.1909	203	0.1868	7747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2127	205	0.1768	7774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.1834	195	0.1689	7780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1949	192	0.1669	7806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1934	201	0.1697	7734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.154	182	0.1654	7827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.1848	187	0.1511	7740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.1481	213	0.1382	7776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.1615	209	0.1406	7801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.1403	183	0.1349	7744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.1507	219	0.1311	7746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.1766	207	0.1283	7780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3304	0.1482	228	0.1294	7742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3304-2.4364	0.1546	175	0.1327	7742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4364-2.5648	0.1566	159	0.1327	7820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.7255	0.127	193	0.1315	7810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7255-2.9359	0.1309	184	0.1312	7792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.2313	0.1559	177	0.1322	7745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-3.6987	0.1419	208	0.1273	7775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6987-4.6591	0.1156	202	0.1144	7752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6591-44.1537	0.1491	207	0.1388	7769	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4639	-0.053	0.1719	0.634	0.0609	0.6639	-0.0147	-0.0655	0.0123	0.1081	0.0032	-0.078	-0.0377	0.0524	-0.0005	0.1256	-0.0145	-0.0267	0.1088	-0.0064	0.1023	51.6716	17.4653	101.6715
2	0.112	-0.0469	0.0594	0.3327	-0.0064	0.1267	-0.0095	-0.0053	0.0361	0.0496	-0.0036	-0.0027	-0.0477	0.0003	0.0104	0.1152	0.0086	-0.0029	0.0963	-0.0017	0.0956	34.4407	22.6837	84.3762
3	0.6492	-0.1293	0.0105	0.4485	0.1961	0.7139	0.0129	0.0666	-0.0764	-0.0502	-0.0292	0.0419	0.0524	-0.0558	-0.0021	0.0835	-0.0103	-0.0068	0.1004	-0.02	0.1176	20.5736	-8.1919	56.3336
4	0.2256	-0.0256	0.0582	0.165	-0.0036	0.1172	-0.0031	0.0136	0.0012	0.0129	-0.0084	0.0481	-0.0209	-0.0347	0.0074	0.0864	0.0126	0.0043	0.1003	-0.0076	0.0992	18.4977	9.9185	72.6178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 151 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 152 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 140 through 336 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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