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- PDB-6fyj: Cytochrome P450 peroxygenase CYP152K6 in complex with Myristic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fyj
タイトルCytochrome P450 peroxygenase CYP152K6 in complex with Myristic Acid
要素Fatty-acid peroxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HEME / CYTOCHROME P450 / PEROXYGENASE / CYP152K6 / MYRISTIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid peroxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / fatty acid metabolic process / peroxidase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MYRISTIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fatty-acid peroxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus methanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Girvan, H.M. / Poddar, H. / Mclean, K.J. / Leys, D. / Munro, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Structural and catalytic properties of the peroxygenase P450 enzyme CYP152K6 from Bacillus methanolicus.
著者: Girvan, H.M. / Poddar, H. / McLean, K.J. / Nelson, D.R. / Hollywood, K.A. / Levy, C.W. / Leys, D. / Munro, A.W.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty-acid peroxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9584
ポリマ－49,0071
非ポリマー9513
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.952, 71.173, 68.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-958-

HOH

21A-1003-

HOH

31A-1010-

HOH

41A-1038-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fatty-acid peroxygenase / CYP152K6


分子量: 49007.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus methanolicus (バクテリア)
遺伝子: cypC, BMMGA3_06595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3DZK9, fatty-acid peroxygenase
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Morpheus Screen condition A5 (Molecular Dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→56.14 Å / Num. obs: 105940 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.9 % / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.3→56.14 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rrim(I) all: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2880: ???)精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IZO

1izo


解像度: 1.3→56.14 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 5156 4.88 %
Rwork0.1732 --
obs0.1742 105732 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→56.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 0 66 440 3925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3364865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1191353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3017-1.31650.63371650.62933097X-RAY DIFFRACTION91
1.3165-1.3320.53711600.53553220X-RAY DIFFRACTION96
1.332-1.34820.51381590.46693273X-RAY DIFFRACTION97
1.3482-1.36530.40641840.40363279X-RAY DIFFRACTION97
1.3653-1.38330.35631520.3463288X-RAY DIFFRACTION98
1.3833-1.40220.28941770.31833370X-RAY DIFFRACTION98
1.4022-1.42220.31331780.28553258X-RAY DIFFRACTION98
1.4222-1.44350.27211650.24443348X-RAY DIFFRACTION99
1.4435-1.4660.25631820.22883373X-RAY DIFFRACTION99
1.466-1.49010.24661640.21053337X-RAY DIFFRACTION99
1.4901-1.51580.22591810.19533411X-RAY DIFFRACTION99
1.5158-1.54330.2181780.19343315X-RAY DIFFRACTION100
1.5433-1.5730.23121680.19233346X-RAY DIFFRACTION99
1.573-1.60510.23341730.18863365X-RAY DIFFRACTION99
1.6051-1.640.21791850.18683399X-RAY DIFFRACTION99
1.64-1.67820.21621810.18393353X-RAY DIFFRACTION100
1.6782-1.72020.19941610.183362X-RAY DIFFRACTION99
1.7202-1.76670.18481550.17653398X-RAY DIFFRACTION100
1.7667-1.81870.21191810.17233367X-RAY DIFFRACTION100
1.8187-1.87740.23891940.17533364X-RAY DIFFRACTION100
1.8774-1.94450.21851800.17073360X-RAY DIFFRACTION99
1.9445-2.02230.18941800.17333384X-RAY DIFFRACTION100
2.0223-2.11440.18881610.16133408X-RAY DIFFRACTION100
2.1144-2.22580.1641840.1643374X-RAY DIFFRACTION100
2.2258-2.36530.16781810.14863403X-RAY DIFFRACTION100
2.3653-2.54790.16711640.14613414X-RAY DIFFRACTION100
2.5479-2.80430.17991550.15553409X-RAY DIFFRACTION100
2.8043-3.21010.16651700.15913395X-RAY DIFFRACTION100
3.2101-4.04420.16021710.15013417X-RAY DIFFRACTION100
4.0442-56.19020.16371670.14953489X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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