PDB-6fyf: The crystal structure of EncM V135M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fyf

タイトル

The crystal structure of EncM V135M mutant

要素

Putative FAD-dependent oxygenase EncM

キーワード

FLAVOPROTEIN / monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces maritimus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.

履歴

登録	2018年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fyf.cif.gz	361.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fyf.ent.gz	294.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6foqC 6fowC 6fp3C 6fy8C 6fy9C 6fyaC 6fybC 6fycC 6fydC 6fyeC 6fygC 4xloS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fy9-d 6fy8-d 6fyg-2 6a6v-2 6foq-3 6fyg-1 3t01-d 2bvh-2 4omd-6 4qwn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

204 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	162.268, 175.164, 130.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Putative FAD-dependent oxygenase EncM 分子量: 50106.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Calcium Acetate, 20% - 30% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.05 Å / Num. obs: 93709 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XLO

4xlo

解像度: 2.2→43.959 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2741	4784	5.12 %
R_work	0.2253	-	-
obs	0.2279	93459	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13864	0	212	602	14678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809	19732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.112	5088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3418	137	0.2784	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
2.225-2.2512	0.3386	151	0.2575	2918	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2512-2.2786	0.3238	143	0.2598	2876	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2786-2.3075	0.3333	178	0.2579	2908	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3075-2.3378	0.345	151	0.2531	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.3699	0.317	150	0.262	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4037	0.3551	161	0.256	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4396	0.3634	144	0.2527	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.3167	138	0.2512	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5183	0.2977	149	0.2489	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5618	0.3487	158	0.2574	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6083	0.3379	139	0.252	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.6585	0.3353	169	0.2534	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7127	0.2835	164	0.2478	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7127-2.7717	0.3168	180	0.2538	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8362	0.3071	172	0.2474	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8362-2.9071	0.2961	189	0.2476	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-2.9857	0.2746	193	0.2469	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.0735	0.3048	181	0.2363	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0735-3.1727	0.2992	160	0.2344	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1727-3.2861	0.3238	163	0.233	2871	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2861-3.4176	0.2738	149	0.23	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4176-3.5731	0.2574	155	0.2235	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5731-3.7613	0.2271	163	0.2034	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7613-3.9969	0.269	183	0.2052	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9969-4.3052	0.2336	148	0.1919	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3052-4.738	0.2209	144	0.1784	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
4.738-5.4225	0.2354	159	0.1867	3008	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4225-6.8277	0.2353	158	0.2208	2993	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8277-43.9675	0.1831	155	0.21	3071	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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