PDB-6fyd: The crystal structure of EncM T139V mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fyd

タイトル

The crystal structure of EncM T139V mutant

要素

Putative FAD-dependent oxygenase EncM

キーワード

FLAVOPROTEIN / monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces maritimus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.

履歴

登録	2018年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fyd.cif.gz	377.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fyd.ent.gz	306 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fyd_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fyd_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6fyd_validation.xml.gz	75.1 KB	表示
CIF形式データ	6fyd_validation.cif.gz	107.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6foqC 6fowC 6fp3C 6fy8C 6fy9C 6fyaC 6fybC 6fycC 6fyeC 6fyfC 6fygC 4xloS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xlo-1 6fp3-2 6fp3-1 6fyb-2 6fyc-1 3w8w-d 6fow-1 3w8x-d 3w8z-d 6fya-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.742, 175.264, 129.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-959- HOH

#1: タンパク質	Putative FAD-dependent oxygenase EncM 分子量: 50072.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1079 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Calcium Acetate, 20% - 30% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→47.88 Å / Num. obs: 180057 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.76→1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XLO

4xlo

解像度: 1.76→47.88 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	9061	5.04 %
R_work	0.2042	-	-
obs	0.2059	179751	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→47.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13860	0	212	1079	15151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	19732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.491	5080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7595-1.7795	0.3006	238	0.2617	4881	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7795-1.8005	0.3003	308	0.2385	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8005-1.8224	0.2913	309	0.2321	5644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8224-1.8455	0.2728	291	0.2267	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8455-1.8698	0.2943	292	0.2243	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8698-1.8954	0.2692	296	0.2276	5695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8954-1.9225	0.2822	323	0.2301	5679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9225-1.9512	0.276	295	0.2248	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9512-1.9817	0.2622	308	0.2205	5697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9817-2.0142	0.2717	309	0.2154	5639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0142-2.0489	0.2285	300	0.2194	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0489-2.0861	0.2717	290	0.2197	5722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0861-2.1263	0.269	288	0.2242	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1263-2.1697	0.2811	280	0.2257	5708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1697-2.2168	0.279	281	0.2174	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2168-2.2684	0.264	330	0.214	5655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2684-2.3251	0.2592	295	0.2146	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3251-2.388	0.2764	294	0.2129	5746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.4583	0.2691	272	0.2123	5702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4583-2.5376	0.2428	326	0.212	5766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.6283	0.2583	317	0.21	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6283-2.7335	0.2401	318	0.2109	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7335-2.8579	0.2293	320	0.2108	5734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8579-3.0086	0.2249	337	0.2109	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0086-3.197	0.2433	283	0.2125	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.197-3.4438	0.23	319	0.2021	5728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4438-3.7902	0.222	304	0.1936	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7902-4.3384	0.2041	302	0.1758	5824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3384-5.4647	0.173	335	0.1638	5811	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4647-47.8986	0.256	301	0.1998	5858	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)