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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fyb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of EncM L144M mutant | ||||||
要素 | Putative FAD-dependent oxygenase EncM | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces maritimus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.882 Å | ||||||
データ登録者 | Saleem-Batcha, R. / Teufel, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor. 著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fyb.cif.gz | 379 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fyb.ent.gz | 310.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fyb_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fyb_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6fyb_validation.xml.gz | 76.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fyb_validation.cif.gz | 112.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6foqC 6fowC 6fp3C 6fy8C 6fy9C 6fyaC 6fycC 6fydC 6fyeC 6fyfC 6fygC 4xloS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50092.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Calcium Acetate, 20% PEG 3350, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→47.96 Å / Num. obs: 1962341 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 20077 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XLO 解像度: 1.882→47.96 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.882→47.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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