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万見
- PDB-6fxf: Crystal structure of the SAM domain of murine SLy1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxf
タイトルCrystal structure of the SAM domain of murine SLy1
要素SAM and SH3 domain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / SLy1 / SAM / adapter protein / scaffold protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of adaptive immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of organ growth / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / B cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of lymphocyte activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of adaptive immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of organ growth / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / B cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAM and SH3 domain-containing protein 3, SH3 domain / SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SAM/SH3 domain-containing / SLy Proteins Associated Disordered Region / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...SAM and SH3 domain-containing protein 3, SH3 domain / SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SAM/SH3 domain-containing / SLy Proteins Associated Disordered Region / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Src homology 3 domains / DNA polymerase; domain 1 / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SAM and SH3 domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kukuk, L.K. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Koenig, B.W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Juergen Manchot Stiftung ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure of the SLy1 SAM homodimer reveals a new interface for SAM domain self-association.
著者: Kukuk, L. / Dingley, A.J. / Granzin, J. / Nagel-Steger, L. / Thiagarajan-Rosenkranz, P. / Ciupka, D. / Hanel, K. / Batra-Safferling, R. / Pacheco, V. / Stoldt, M. / Pfeffer, K. / Beer-Hammer, ...著者: Kukuk, L. / Dingley, A.J. / Granzin, J. / Nagel-Steger, L. / Thiagarajan-Rosenkranz, P. / Ciupka, D. / Hanel, K. / Batra-Safferling, R. / Pacheco, V. / Stoldt, M. / Pfeffer, K. / Beer-Hammer, S. / Willbold, D. / Koenig, B.W.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM and SH3 domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5651
ポリマ－7,5651
非ポリマー00
水18010
1
A: SAM and SH3 domain-containing protein 3

A: SAM and SH3 domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1292
ポリマ－15,1292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area1730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.089, 44.089, 94.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SH3 protein expressed in lymphocytes


分子量: 7564.539 Da / 分子数: 1 / 変異: K253G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sash3, Sly / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K352
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M K2HPO4, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaCl, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.34 Å / Num. obs: 6358 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 481 / CC1/2: 0.381 / Rpim(I) all: 0.355 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1v38

1v38


解像度: 2.05→39.968 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 319 5.05 %
Rwork0.2183 --
obs0.2195 6319 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数531 0 0 10 541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.263337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0503-2.58310.33861730.29912900X-RAY DIFFRACTION100
2.5831-39.97520.21761460.20043100X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2291-1.5002-1.86573.47491.3360.9568-0.06390.3815-0.5789-0.03110.27390.7302-0.0022-1.3616-0.06570.3844-0.0671-0.02920.77420.18480.5194-7.7549-8.7567-17.4925
28.1231-0.2057-2.09826.0546-1.33072.99560.8925-1.20231.99472.10010.22940.6143-1.2307-0.933-1.04470.6262-0.05650.13410.63160.10440.5836-6.7247-0.7863-10.6475
37.4243-5.2779-0.31533.808-0.43789.2397-0.0691-1.79510.38621.18850.3461-0.9039-0.86991.1113-0.62590.47160.0065-0.07560.9545-0.01490.67825.3252-5.4044-9.0771
44.69911.369-0.99159.0524-1.04896.70170.22-0.94240.4822-0.2270.5832-0.5683-0.73690.2532-0.53470.4275-0.04220.12490.53440.16880.49371.8605-3.6017-18.0225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 253 through 276 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 277 through 286 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 287 through 294 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 295 through 317 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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