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万見
- PDB-6fx5: MITF dimerization mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fx5
タイトルMITF dimerization mutant
要素Microphthalmia-associated transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / melanocytes / bHLHZip / autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / SUMOylation of transcription factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / pigmentation ...melanocyte apoptotic process / SUMOylation of transcription factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / camera-type eye development / pigmentation / E-box binding / cell fate commitment / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Pogenberg, V. / Milewski, M. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Mechanism of conditional partner selectivity in MITF/TFE family transcription factors with a conserved coiled coil stammer motif.
著者: Pogenberg, V. / Ballesteros-Alvarez, J. / Schober, R. / Sigvaldadottir, I. / Obarska-Kosinska, A. / Milewski, M. / Schindl, R. / Ogmundsdottir, M.H. / Steingrimsson, E. / Wilmanns, M.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microphthalmia-associated transcription factor
B: Microphthalmia-associated transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0684
ポリマ－18,8762
非ポリマー1922
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.720, 92.830, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Microphthalmia-associated transcription factor


分子量: 9437.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mitf, Bw, Mi, Vit / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08874
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grew in conditions between 2.0 M and 2.4 M Ammonium sulfate and 0.1 and 0.15 M Cadmium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→33.045 Å / Num. obs: 9762 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 987 / CC1/2: 0.88 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ath

4ath


解像度: 2.05→33.045 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 886 9.08 %
Rwork0.2236 --
obs0.2258 9762 95.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→33.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 10 33 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3851614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.198475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.17850.32261460.25261482X-RAY DIFFRACTION98
2.1785-2.34670.29911400.24021463X-RAY DIFFRACTION97
2.3467-2.58270.29811580.23441466X-RAY DIFFRACTION96
2.5827-2.95630.26351620.23711467X-RAY DIFFRACTION96
2.9563-3.72380.2241220.21491494X-RAY DIFFRACTION95
3.7238-33.04920.21341580.2131504X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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