PDB-6fwy: Thioester domain of the Enterococcus faecium TIE86 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fwy

タイトル

Thioester domain of the Enterococcus faecium TIE86 protein

要素

B-type Cna protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / LPXTG-anchored / surface protein / thioester domain / TIE protein

機能・相同性

Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Miller, O.K. / Banfield, M.J. / Schwarz-Linek, U.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: A new structural class of bacterial thioester domains reveals a slipknot topology.
著者: Miller, O.K. / Banfield, M.J. / Schwarz-Linek, U.

履歴

登録	2018年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年1月23日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fwy.cif.gz	432.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fwy.ent.gz	357.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fwy_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fwy_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	6fwy_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	6fwy_validation.cif.gz	58.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fwvC 6fx6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z2w-d 3zix-5 3zxd-3 4es9-3 3n1e-3 2zf8-d 3zix-3 6svs-1 4ofq-2 6svs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: B-type Cna protein

B: B-type Cna protein

C: B-type Cna protein

D: B-type Cna protein

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: B-type Cna protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, gel filtration suggests protein is monomeric in solution
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: B-type Cna protein

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: B-type Cna protein

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: B-type Cna protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.700, 33.732, 206.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.880, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	1 - 280	1 - 280
2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	1 - 280	1 - 280
1	2	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	2 - 279	2 - 279
2	2	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	2 - 279	2 - 279
1	3	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	2 - 279	2 - 279
2	3	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	2 - 279	2 - 279
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	2 - 279	2 - 279
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	2 - 279	2 - 279
1	5	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	2 - 279	2 - 279
2	5	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	2 - 279	2 - 279
1	6	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	2 - 280	2 - 280
2	6	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	2 - 280	2 - 280

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	B-type Cna protein 分子量: 30367.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: B4W81_16995, BTA13_08335, DTPHA_1402599 / プラスミド: pEHisTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A7T0E1
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium citrate, ammonium sulfate, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→198.2 Å / Num. obs: 69192 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 41.45 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.14→198.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 18.289 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.2835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.212
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2585	3399	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2333	-	-	-
obs	0.2345	65791	93.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.82 Å² / B_iso mean: 41.448 Å² / B_iso min: 26.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	-4.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.14→198.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8536	0	19	334	8889
B_iso mean	-	-	44.97	40.8	-
残基数	-	-	-	-	1118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	8829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	7969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.936	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	18639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.89	5	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.558	24.738	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.914	15	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.957	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1775

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17780	0.06
1	2	B	17780	0.06
2	1	A	17554	0.06
2	2	C	17554	0.06
3	1	A	17538	0.07
3	2	D	17538	0.07
4	1	B	17680	0.05
4	2	C	17680	0.05
5	1	B	17628	0.06
5	2	D	17628	0.06
6	1	C	17666	0.06
6	2	D	17666	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.141→2.197 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	244	-
R_work	0.323	5038	-
all	-	5282	-
obs	-	-	98.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8945	-0.4822	0.4531	1.6799	-1.2787	2.6891	-0.0207	0.0039	-0.0151	0.1069	-0.0273	-0.1921	-0.1196	0.0486	0.0479	0.4401	-0.0087	-0.0679	0.3461	-0.0072	0.041	-29.6736	-0.3042	14.4389
2	7.9793	-4.6739	5.9974	5.411	-4.0002	6.0491	0.1921	0.197	0.1325	-0.1287	-0.2091	-0.4456	0.1549	0.4369	0.017	0.3892	-0.005	-0.0256	0.3987	0.0553	0.3068	-4.0613	-29.5237	38.7741
3	2.5089	-2.4151	2.132	2.7362	-2.1245	1.8251	-0.0217	-0.0527	0.0047	0.1169	-0.018	-0.2249	-0.0173	-0.0326	0.0397	0.5063	0.0062	-0.115	0.4099	0.024	0.1265	-14.9664	-25.642	38.5926
4	1.2014	0.3239	-0.0249	1.7468	-1.3776	2.8827	-0.1074	0.0406	-0.0073	-0.2443	0.0026	-0.1591	0.1918	-0.0025	0.1047	0.6252	-0.0221	-0.0109	0.3507	-0.0202	0.0184	-62.9074	-19.8838	80.1433
5	1.1443	1.8538	-1.6835	4.8323	-3.1758	3.6655	-0.1078	0.0747	-0.0018	-0.3714	-0.0476	-0.2217	0.1408	0.1805	0.1554	0.566	-0.0124	0.0301	0.455	0.0757	0.1993	-49.4481	8.6133	48.9007
6	2.3068	2.7257	-2.8461	4.4179	-4.0449	4.0513	0.0064	0.0118	0.1409	0.0616	0.0057	-0.2475	-0.0091	0.0188	-0.0121	0.5554	-0.0225	-0.0239	0.4064	-0.0165	0.1858	-61.1821	-0.6523	63.4389
7	2.0039	1.0341	-0.7123	3.3855	-1.1376	1.8423	-0.0226	0.0958	-0.0882	0.0147	-0.0631	0.108	0.0185	-0.108	0.0857	0.3692	0.0187	-0.0157	0.3582	-0.0157	0.0332	-63.1525	3.9508	17.8805
8	1.2117	1.4969	0.0704	6.298	-2.7874	3.3009	0.1288	-0.0488	-0.0696	0.4751	0.044	0.1779	-0.0231	-0.2468	-0.1728	0.488	-0.0631	0.0236	0.4532	-0.0161	0.2229	-79.6984	-24.5994	50.284
9	0.4134	0.7034	-0.6097	3.2171	-3.3761	4.6951	0.0111	-0.0672	-0.0535	-0.1464	0.0956	0.104	0.3636	-0.1997	-0.1068	0.4763	-0.0375	-0.012	0.444	-0.0518	0.1865	-75.8838	-16.8907	32.2949
10	2.6562	-1.5325	0.8439	3.5061	-0.7639	1.1471	-0.0986	-0.1086	0.1301	0.0429	0.0293	0.1118	0.0104	-0.1406	0.0694	0.5371	-0.0326	-0.0556	0.3768	0.0308	0.034	2.8813	-7.8235	86.5707
11	2.8701	-3.4818	3.5132	4.5314	-4.5184	4.5917	-0.123	0.0296	0.1178	0.0353	0.0066	-0.0141	-0.0544	-0.1115	0.1164	0.5945	0.0136	-0.1075	0.38	0.007	0.1959	-4.8783	12.0029	66.2273
12	1.2328	-1.6526	1.9423	2.6936	-3.0453	3.6826	-0.101	-0.0975	-0.0101	0.356	0.2293	0.2452	-0.2865	-0.2958	-0.1282	0.6196	0.0459	-0.067	0.4424	0.026	0.2442	-18.6601	18.1432	67.0032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	157 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	172 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 151
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	152 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	243 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	157 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	231 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	143 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	172 - 280

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)