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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fwo | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of an E336Q variant of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylanisolvens in complex with alpha-Glc-1,3-1,2-anhydro-mannose hydrolyzed by enzyme | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Glycosyl hydrolase family 71 | ||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. ...Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis. 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. / Zhang, Y. / Millet, O. / Jimenez-Barbero, J. / Bennet, A.J. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Williams, S.J. #1: ![]() タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fwgC ![]() 6fwiC ![]() 6fwjC ![]() 6fwlC ![]() 6fwmC ![]() 6fwpC ![]() 6fwqC ![]() 5m17S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() 詳細: Diffraction images used to solve the structures published in the article "An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis" Metadata reference: 10.5281/zenodo.4424526 |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43932.609 Da / 分子数: 1 / 変異: E336Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BXY_34140 / プラスミド: pET28a (+) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-M96 / ( | #4: 糖 | ChemComp-GLC / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 3 M sodium acetate, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→76.1 Å / Num. obs: 86260 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.278 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4245 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.544 / Rrim(I) all: 1.392 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5M17 解像度: 1.34→76.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.854 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.366 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.34→76.1 Å
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拘束条件 |
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