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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fwg | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of an E333Q variant of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylanisolvens in complex with tetramannoside yeast mannan fragment | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Glycosyl hydrolase family 71 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. ...Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, オーストラリア, スペイン, 7件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2020 タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis. 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Zhu, S. / Raich, L. / Sannikova, N. / Thompson, A.J. / Hakki, Z. / Lu, D. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Lewis, A.R. / Rojas-Cervellera, V. / Bernardo-Seisdedos, G. / Zhang, Y. / Millet, O. / Jimenez-Barbero, J. / Bennet, A.J. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Williams, S.J. #1: ジャーナル: ChemRxiv / 年: 2019 タイトル: An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis 著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / ...著者: Sobala, L.F. / Speciale, G. / Hakki, Z. / Fernandes, P.Z. / Raich, L. / Rojas-Cervellera, V. / Bennet, A. / Thompson, A.J. / Bernardo-Seisdedos, G. / Millet, O. / Zhu, S. / Lu, D. / Sollogoub, M. / Rovira, C. / Jimenez-Barbero, J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fwg.cif.gz | 183.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fwg.ent.gz | 143.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fwg_validation.pdf.gz | 785 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fwg_full_validation.pdf.gz | 787.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fwg_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fwg_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/6fwg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6fwiC 6fwjC 6fwlC 6fwmC 6fwoC 6fwpC 6fwqC 5m17S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.4424526 / データの種類: diffraction image data 詳細: Diffraction images used to solve the structures published in the article "An Epoxide Intermediate in Glycosidase Catalysis" Metadata reference: 10.5281/zenodo.4424526 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43932.609 Da / 分子数: 1 / 変異: E333Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア) 遺伝子: BXY_34140 / プラスミド: pET-28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6D1V7 | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl alpha-D-mannopyranoside | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3M sodium acetate, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→76.28 Å / Num. obs: 170023 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.531 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8334 / CC1/2: 0.398 / Rpim(I) all: 0.705 / Rrim(I) all: 1.692 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M17 解像度: 1.07→76.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.847 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.738 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.07→76.28 Å
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拘束条件 |
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