PDB-6fvq: The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fvq

タイトル

The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alkaline pH - R86A

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel.

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Hu, H. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a pentameric ion channel gated by alkaline pH show a widely open pore and identify a cavity for modulation.
著者: Hu, H. / Nemecz, A. / Van Renterghem, C. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fvq.cif.gz	649.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fvq.ent.gz	541.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fl9C 6fliC 6fvrC 6fvsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fvr-d 6fl9-d 6fvs-d 6fli-d 6v03-d 4cof-d 6z8i-d 6cdu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

189 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	216.237, 112.475, 144.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Cys-loop ligand-gated ion channel

分子量: 37224.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

endosymbiont of Tevnia jerichonana (vent Tica) (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2FID1

#2: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 150mM MgCl2 35%PEG200 Tris pH 8.0 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→49.15 Å / Num. obs: 47694 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 87.39 Å² / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.461

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	1697	4.88 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.205	34747	73 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.9657 Å²	0 Å²	-0.0112 Å²
2-	-	-5.5035 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4622 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12755	0	170	0	12925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13280	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	17995	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4550	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		300	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1900	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13280	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.07
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.75
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1700	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14538	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.4 Å / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	-	4.92 %
R_work	0.2393	1082	-
all	0.2408	1138	-
obs	-	-	27.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6455	0.1633	-1.9966	0.2195	-0.1695	2.3501	0.128	0.2931	0.4104	0.1337	0.0409	0.1712	-0.2402	-0.2611	-0.1689	0.0656	0.1251	0.1777	-0.2806	0.0929	0.0991	55.3975	20.1316	28.2578
2	4.6447	0.4767	-2.9159	0.5215	-0.5924	2.581	0.1359	-0.4752	0.1842	0.3121	-0.027	0.1185	-0.1406	0.3853	-0.1089	0.0962	-0.0927	0.0652	-0.2428	-0.1665	-0.1695	68.0369	11.4124	47.3102
3	3.7815	0.4401	-2.0648	0.612	-0.1008	1.6135	-0.1355	-0.4785	-0.2785	0.2499	-0.0373	0.1061	0.2631	0.3153	0.1727	0.0848	0.0513	0.0765	-0.224	0.1276	-0.124	67.2552	-13.0514	46.2413
4	3.9565	0.0993	-2.2521	0.2848	0.1669	1.9905	-0.1705	0.4355	-0.3147	0.0559	-0.0465	0.1911	0.3404	-0.3599	0.217	0.0203	-0.1116	0.1488	-0.2632	-0.1236	0.0899	54.2517	-19.4461	26.5579
5	2.9545	-0.5609	-2.0449	0.8726	0.4136	1.6064	-0.0198	0.4697	0.042	-0.0433	-0.0017	0.2323	-0.0052	-0.3877	0.0215	-0.2225	0.0558	-0.1035	0.2322	0.0203	-0.2477	46.8773	1.0892	15.3578
6	-1.635	0.0317	1.493	0.2479	-0.0155	1.635	0.0263	-0.0106	-0.0334	-0.0064	-0.0119	0.0082	-0.0311	-0.0093	-0.0144	-0.015	-0.012	-0.0395	0.0087	0.0095	0.0531	87.6315	0.0134	13.4039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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