PDB-6fl9: The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fl9

タイトル

The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alkaline pH - Wild type 2.3 Angstrom resolution

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel.

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hu, H. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a pentameric ion channel gated by alkaline pH show a widely open pore and identify a cavity for modulation.
著者: Hu, H. / Nemecz, A. / Van Renterghem, C. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fl9.cif.gz	661.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fl9.ent.gz	557.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6fl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fliC 6fvqC 6fvrC 6fvsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fvs-d 6fvr-d 6fli-d 6fvq-d 6v03-d 5t3r-d 6cdu-2 6z8i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

189 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.600, 112.960, 144.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Cys-loop ligand-gated ion channel

分子量: 37310.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2FID1

#2: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.36 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM Tris pH 8.0; 150 mM MgCl2; 3% DMSO; 32% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.34 Å / Num. obs: 144663 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.46 Å² / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.2 / SU R_free Blow DPI: 0.175 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.181

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	6386	4.92 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.21	129879	89.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.49 Å²	0 Å²	7.9959 Å²
2-	-	-5.6045 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8855 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.51 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12830	0	170	403	13403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13360	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	18100	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4605	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		300	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1915	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13360	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.19
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.53
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1705	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14999	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1984	397	5.07 %
R_work	0.1828	7430	-
all	0.1836	7827	-
obs	-	-	73.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5717	-1.668	-4.4344	3.5186	1.1698	4.3508	0.5473	0.6383	0.8663	-0.0273	-0.1229	0.3175	-0.5408	-0.7245	-0.4244	0.2721	0.2658	0.6749	-0.2329	0.1276	0.1896	-66.7917	20.7339	41.8625
2	5.4632	-0.5716	-3.5998	3.3553	0.5302	3.4366	0.3786	0.4345	0.4146	-0.0231	0.0466	-0.1165	-0.434	-0.4614	-0.4252	0.2378	0.1247	0.5947	-0.2962	0.12	0.1428	-26.7505	17.2753	10.266
3	6.8804	-0.6177	-4.38	1.9412	0.6975	4.3141	0.1707	-1.0726	0.3346	0.482	0.0699	0.3623	-0.2035	0.5152	-0.2406	0.2952	-0.0579	0.7102	-0.2542	-0.1269	0.0451	-54.0594	8.6111	60.5733
4	5.7541	0.5121	-3.6535	2.9787	0.2576	2.8374	0.2675	-0.6968	0.2359	0.2428	0.0065	0.1	-0.3198	0.5484	-0.274	0.1739	-0.0847	0.5291	-0.2165	-0.1177	0.0763	-14.4788	10.9562	28.3405
5	4.6602	0.7976	-3.6452	2.6499	-0.1904	4.0078	-0.3883	-0.7231	-0.5694	0.5364	-0.1348	0.263	0.5315	0.3072	0.5231	0.3022	-0.0143	0.7225	-0.2966	0.1378	0.1216	-56.7268	-16.7477	56.7718
6	5.4904	0.5996	-4.182	1.9151	0.0329	4.0315	-0.2234	-0.7692	-0.4812	0.2137	-0.1932	0.0684	0.3112	0.4423	0.4166	0.1526	0.0903	0.4802	-0.2373	0.126	0.0459	-14.1061	-11.8448	28.9297
7	7.1026	1.2281	-4.3398	3.0524	-0.7537	3.7614	-0.3831	0.7476	-0.5352	-0.0403	-0.0233	0.1181	0.4871	-0.9425	0.4064	0.2089	-0.2843	0.6259	0.0624	-0.2431	0.2275	-70.9656	-20.2325	35.7047
8	4.1955	0.0238	-2.7722	2.8987	0.1325	3.4157	-0.4723	0.582	-0.589	0.0078	0.0276	0.2766	0.4269	-0.4907	0.4446	0.1632	-0.0905	0.5489	-0.3265	-0.1119	0.175	-26.0917	-19.5444	11.2398
9	6.3209	0.3039	-2.8228	2.6922	-0.438	1.7068	0.0116	0.9869	0.0271	0.0071	-0.0136	0.5044	0.0432	-0.9189	0.0019	-0.0253	0.1358	0.5351	0.5222	0.0185	0.1807	-77.2587	2.9699	26.4151
10	4.7686	-0.2867	-2.3374	1.7335	0.0039	2.3546	0.196	1.0646	0.2126	-0.0032	-0.1381	0.1126	-0.0919	-0.7847	-0.0579	0.1411	0.0034	0.4838	0.1648	-0.0388	0.0845	-33.9362	-1.5736	-0.3474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|7 - 194 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|195 - 316 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|7 - 194 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|195 - 316 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|7 - 194 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|195 - 316 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|7 - 194 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|195 - 316 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|7 - 194 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|195 - 316 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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