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- PDB-6fv0: Crystal structure of the TPR domain of KLC1 in complex with the C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fv0
タイトルCrystal structure of the TPR domain of KLC1 in complex with the C-terminal peptide of torsinA
要素
  • Kinesin light chain 1,Torsin-1A
  • nanobody
キーワードMOTOR PROTEIN / Protein complex / nanobody / cargo recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle membrane organization / RHO GTPases activate KTN1 / nuclear membrane organization / organelle organization / membrane-bounded organelle / Kinesins / nuclear envelope organization / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein deneddylation ...synaptic vesicle membrane organization / RHO GTPases activate KTN1 / nuclear membrane organization / organelle organization / membrane-bounded organelle / Kinesins / nuclear envelope organization / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein deneddylation / intermediate filament cytoskeleton organization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of protein localization to cell surface / protein localization to synapse / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / misfolded protein binding / MHC class II antigen presentation / axo-dendritic transport / stress granule disassembly / wound healing, spreading of cells / ciliary rootlet / kinesin complex / synaptic vesicle transport / microtubule-based movement / kinesin binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein localization to nucleus / chaperone-mediated protein folding / ERAD pathway / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / secretory granule / intracellular protein transport / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic vesicle membrane / neuron projection development / synaptic vesicle / nuclear envelope / growth cone / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / vesicle / response to oxidative stress / microtubule / cytoskeleton / cell adhesion / neuron projection / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Torsin / Torsin 1/2 / : / Torsin / Torsin-1A, C-terminal domain / Kinesin light chain / Kinesin light chain repeat / Kinesin light chain repeat. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Torsin / Torsin 1/2 / : / Torsin / Torsin-1A, C-terminal domain / Kinesin light chain / Kinesin light chain repeat / Kinesin light chain repeat. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kinesin light chain 1 / Kinesin light chain / Torsin-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Pernigo, S. / Dodding, M.P. / Steiner, R.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006774/1 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for isoform-specific kinesin-1 recognition of Y-acidic cargo adaptors.
著者: Pernigo, S. / Chegkazi, M.S. / Yip, Y.Y. / Treacy, C. / Glorani, G. / Hansen, K. / Politis, A. / Bui, S. / Dodding, M.P. / Steiner, R.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for kinesin-1:cargo recognition.
著者: Pernigo, S. / Lamprecht, A. / Steiner, R.A. / Dodding, M.P.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin light chain 1,Torsin-1A
F: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9513
ポリマ－50,8452
非ポリマー1061
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, gel filtration, assay for oligomerization, fluorescence polarisation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.040, 89.680, 50.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin light chain 1,Torsin-1A / Dystonia 1 protein / Torsin ATPase 1 / Torsin family 1 member A


分子量: 37448.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A is a fusion in a chimeric construct of TPR domain of KLC1 and the C-terminal peptide of torsinA via a (TGS)10 linker.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klc1, Kns2, Tor1a, Dyt1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q5UE59, UniProt: Q9ER39, UniProt: O88447*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 抗体 nanobody


分子量: 13395.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% propan-2-ol, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→52.5 Å / Num. obs: 21275 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 48.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1021 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FUZ

6fuz


解像度: 2.29→52.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1061 5.05 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 21016 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6985 Å20 Å2-9.6174 Å2
2---6.5911 Å20 Å2
3---5.8927 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→52.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 7 90 3136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1103SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes443HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3100HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion389SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3490SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 134 4.99 %
Rwork0.262 2554 -
all0.264 2688 -
obs--94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.097-0.0114-1.70100.2951-0.4998-0.00470.0352-0.0437-0.0035-0.0233-0.03740.06290.06790.028-0.3441-0.23050.01350.3772-0.14230.029447.79280.49572.2689
2-0.01870.57011.56710.33131.25151.8566-0.01840.01410.0894-0.01270.0398-0.0125-0.005-0.0043-0.0214-0.2111-0.26250.10540.5938-0.3046-0.204745.051312.82911.844
30.6098-0.1342.04520.5444-3.53651.244-0.0133-0.28490.0554-0.00340.0049-0.11130.02810.19560.0084-0.6065-0.06120.01160.45390.2903-0.1349.90167.5979-7.1242
43.5197-4.0224-3.29061.2131-0.59650.7966-0.0326-0.00690.00780.17830.0115-0.13590.08410.06010.0211-0.00750.21070.26390.1850.31540.32750.3269-4.5229-12.4779
51.50343.867-1.61394.7357-2.08286.3767-0.1346-0.40.0488-0.1367-0.1882-0.2163-0.20750.33180.3228-0.26180.01210.07650.07290.2064-0.113440.58454.2404-6.7092
60.39440.4547-0.59161.389-3.43891.6190.00370.17960.268-0.1022-0.07830.0704-0.03360.07280.0746-0.1368-0.08130.06370.15910.2009-0.010735.848711.2383-12.3416
70.4653-2.07722.40584.8609-2.81551.3249-0.05620.3069-0.4847-0.4488-0.1454-0.0410.34610.20360.20160.07240.11580.3106-0.00620.04770.111436.302-7.5731-10.798
81.3466-2.11270.55112.8854-2.47745.9845-0.13630.9343-0.0956-0.4593-0.1262-0.1570.0745-0.19260.2625-0.0565-0.06870.08590.0199-0.0021-0.0925.3093.0832-9.4996
91.12692.2921-3.38771.1610.6152-0.32850.0476-0.0176-0.57810.1556-0.0610.14540.25050.02820.01340.0597-0.05580.2163-0.03770.02770.1525.2085-10.5775-2.9701
107.0759-0.3408-2.49740.66-0.11612.3922-0.18730.006-0.6005-0.2661-0.30770.0240.30860.06370.495-0.0954-0.03580.0909-0.07950.0504-0.133421.1734-1.04780.544
114.0954-1.223-4.61582.9366-3.4173.4922-0.0748-0.0299-0.2497-0.1504-0.10950.2490.1475-0.42890.1843-0.0402-0.01050.0420.00520.0034-0.033413.9686-1.11283.5053
124.7646-1.0187-3.02543.5922-2.9560.80610.0316-0.75080.04750.0006-0.3834-0.2111-0.19760.63690.3518-0.0861-0.0871-0.04280.23750.1242-0.138923.39222.868911.6012
134.02212.3643-2.365.1260.7840.94740.3238-0.10180.2020.0546-0.42670.3598-0.68280.27820.103-0.0458-0.10360.0492-0.07290.0207-0.108611.7911.509110.9806
14-0.46681.75143.15791.0665-2.29953.4972-0.04510.01520.07870.12570.0233-0.1458-0.01970.18650.0218-0.1142-0.2499-0.12630.51230.07-0.161523.800911.068826.4991
154.3465-0.28060.75650.1847-3.35180.6162-0.0425-0.14170.09010.18940.1389-0.13220.06520.1547-0.09640.1562-0.30240.09390.1078-0.0327-0.262816.201317.993927.0876
160.34520.7591-1.13334.8404-3.09693.2099-0.0171-0.12240.10670.0293-0.1445-0.1337-0.04160.10460.16170.2564-0.28430.12920.1318-0.1429-0.052415.564922.449621.2145
17-0.04071.12770.49550.70710.03740.97830.0070.02760.09530.0167-0.005-0.1202-0.0775-0.0142-0.002-0.1422-0.33120.06780.28640.2095-0.20922.418918.345712.0209
18-0.07570.15180.2170.3879-0.56120.79220.00160.00540.1053-0.0123-0.10270.0403-0.1027-0.00790.101-0.0686-0.22930.1711-0.2146-0.1111-0.134713.336620.36612.4594
191.596-4.5188-0.07343.5364-1.47230.17910.01720.05720.0711-0.0611-0.07590.0062-0.1697-0.05330.05870.0354-0.24410.2801-0.1591-0.11630.25849.348926.033214.3784
200.20483.27220.29820.22742.45460.65220.01460.07880.0079-0.0295-0.088-0.1204-0.0330.1820.0733-0.0671-0.30530.1139-0.04930.03920.243624.537125.606116.4047
210.2947-0.99130.91860.00041.69881.2241-0.0081-0.06880.0540.2520.0732-0.26780.04490.2665-0.0651-0.15770.05550.08830.1880.2713-0.059415.7127-13.374126.3352
22-1.04762.24423.57630.4367-4.59852.1458-0.0131-0.0215-0.2182-0.0736-0.13070.01260.15850.05330.14380.07780.02810.1829-0.063-0.0630.1299-5.1436-19.941721.0523
231.67482.234-3.7030.0438-1.1441.0466-0.0386-0.11810.07050.080.0168-0.12280.24520.12820.0218-0.1728-0.00230.0793-0.13630.0545-0.12850.3629-12.397824.0045
241.1626-2.01381.17670.2938-1.03833.02640.0170.044-0.020.0492-0.0571-0.0476-0.07620.18290.0401-0.16860.067-0.00850.48320.2138-0.086418.2454-6.983927.1958
250.3183-1.3505-1.27520.38490.10822.0290.0769-0.0434-0.04560.1511-0.0986-0.2088-0.04930.08740.0217-0.1815-0.1866-0.02540.26560.1774-0.238617.4173-0.521920.9763
264.03232.4695-0.20910-3.2857-0.1384-0.0898-0.0069-0.3512-0.1981-0.20640.01460.37130.61250.2963-0.21370.05230.1354-0.06740.077-0.07610.198-12.515515.1725
271.8396-1.19410.27361.07430.57473.99550.02750.0399-0.1544-0.0222-0.06720.05420.050.03130.03960.34250.05140.2992-0.1384-0.00480.35868.789-21.46029.0691
282.01360.0747-0.30930.0549-2.04580.8845-0.0162-0.0745-0.27650.338-0.1949-0.2294-0.16820.24040.2111-0.1172-0.05680.09960.03820.0478-0.11199.9286-3.984614.6046
290.47392.3856-0.95112.4312-4.16180.8392-0.07310.059-0.11450.1782-0.07710.0901-0.0402-0.11470.1501-0.10560.02590.0650.1340.017-0.01956.86960.718814.2549
300.6494-0.3564-0.04411.10470.7999-0.0246-0.03790.08070.0176-0.0950.06120.0463-0.0041-0.0965-0.02330.07-0.03870.0330.0458-0.0428-0.01131.1557-8.168.0771
311.23761.8484-1.11530.02333.22481.68580.0161-0.121-0.1179-0.26420.07690.26760.0642-0.0753-0.093-0.07850.0112-0.0219-0.04590.0296-0.02380.1051-6.490816.6489
32-0.09921.3270.31331.1468-0.60080.56580.0241-0.19-0.01930.1834-0.0750.03930.04620.00070.05090.0792-0.14820.00440.20580.1141-0.123310.6659-1.026228.7198
330.3218-2.462-1.233502.3451.64620.0828-0.1907-0.0660.2646-0.11010.0946-0.16810.19010.0273-0.0846-0.00450.03890.1560.0372-0.13398.4213-6.184425.6094
341.19151.35290.48813.3190.11311.14050.01310.1902-0.37830.0491-0.0667-0.09630.1294-0.07130.0536-0.14390.02650.1168-0.0107-0.1488-0.0134-3.9835-13.202816.5194
352.00221.3166-1.70971.3062-1.66781.4505-0.0672-0.1036-0.1603-0.1633-0.14880.06080.25930.25340.21610.00350.08040.28-0.2285-0.09430.19743.4015-18.417114.7873
361.14521.2022-1.62051.4873-2.0336-0.4781-0.0322-0.2237-0.08830.1063-0.0135-0.05230.12740.06990.0457-0.12730.05750.19870.2080.1219-0.03915.2853-11.365516.2725
371.4121-2.0410.08380.0051-5.2168-0.0043-0.0099-0.0527-0.0074-0.05390.019-0.0728-0.08090.0879-0.0091-0.09890.14230.08310.34240.3080.149419.4018-14.035717.4771
380.7264-3.6173-2.97145.7489-0.49855.511-0.02820.0267-0.2681-0.103-0.2104-0.01050.3909-0.02470.23860.02470.12540.2756-0.19460.12040.11172.388-21.953720.0214
390.7851.2539-1.48821.0546-0.96090.18030.02490.0643-0.05870.03280.0033-0.0655-0.00180.0594-0.02820.12540.04590.07010.1910.20160.245617.959818.57742.7819
403.91794.47831.23482.03680.73150.4143-0.001-0.161-0.08440.0906-0.089-0.31620.07290.13720.0899-0.2611-0.06670.0699-0.01090.1036-0.258527.26756.03970.9187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|214 - A|220 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|221 - A|230 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|231 - A|240 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|241 - A|252 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|253 - A|267 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|268 - A|276 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|277 - A|296 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|297 - A|320 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|321 - A|332 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|333 - A|353 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|354 - A|368 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|369 - A|389 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ A|390 - A|409 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ A|410 - A|420 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ A|421 - A|431 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ A|432 - A|462 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ A|463 - A|468 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ A|469 - A|474 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ A|475 - A|483 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ A|484 - A|495 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ F|2 - F|7 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ F|8 - F|15 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ F|16 - F|21 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ F|22 - F|28 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ F|29 - F|33 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ F|34 - F|40 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ F|41 - F|46 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ F|47 - F|53 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ F|54 - F|60 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ F|61 - F|65 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ F|66 - F|71 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ F|72 - F|76 }
33X-RAY DIFFRACTION33{ F|77 - F|81 }
34X-RAY DIFFRACTION34{ F|82 - F|88 }
35X-RAY DIFFRACTION35{ F|89 - F|94 }
36X-RAY DIFFRACTION36{ F|95 - F|100 }
37X-RAY DIFFRACTION37{ F|101 - F|106 }
38X-RAY DIFFRACTION38{ F|107 - F|115 }
39X-RAY DIFFRACTION39{ A|702 - A|706 }
40X-RAY DIFFRACTION40{ A|707 - A|712 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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