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- PDB-6fuy: Crystal structure of human full-length vinculin-T12-A974K (residu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fuy
タイトルCrystal structure of human full-length vinculin-T12-A974K (residues 1-1066)
要素Vinculin
キーワードCELL ADHESION / Mechanosensitive Self-inhibition Adapter
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cell migration / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cell-cell junction / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chorev, D.S. / Volberg, T. / Livne, A. / Eisenstein, M. / Martins, B. / Kam, Z. / Jockusch, B.M. / Medalia, O. / Sharon, M. / Geiger, B.
資金援助 イスラエル, 3件
組織認可番号国
ERC294852 イスラエル
ERC636752 イスラエル
ISF3001/13 イスラエル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Conformational states during vinculin unlocking differentially regulate focal adhesion properties.
著者: Chorev, D.S. / Volberg, T. / Livne, A. / Eisenstein, M. / Martins, B. / Kam, Z. / Jockusch, B.M. / Medalia, O. / Sharon, M. / Geiger, B.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年3月14日ID: 6FMM
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6992
ポリマ－116,6591
非ポリマー401
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Comparable structure to PDB 1TR2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area47670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.810, 97.810, 233.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin / MV


分子量: 116659.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P18206
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, calcium acetate, Tris-HOAc, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.91 Å / Num. obs: 26203 / % possible obs: 97.89 % / 冗長度: 19.85 % / Net I/σ(I): 24.68
反射 シェル解像度: 3→19.91 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TR2

1tr2


解像度: 3→19.91 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3048 1311 5 %
Rwork0.265 --
obs0.2669 26202 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7350 0 1 5 7356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55810039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8284692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.11980.39051460.3582762X-RAY DIFFRACTION100
3.1198-3.26120.38171470.33552797X-RAY DIFFRACTION100
3.2612-3.43230.39611440.32732732X-RAY DIFFRACTION100
3.4323-3.64610.39591350.35632568X-RAY DIFFRACTION92
3.6461-3.92560.43241370.34612606X-RAY DIFFRACTION93
3.9256-4.3170.27921470.25632785X-RAY DIFFRACTION100
4.317-4.93340.23291470.22392803X-RAY DIFFRACTION100
4.9334-6.18450.34241510.28542864X-RAY DIFFRACTION100
6.1845-19.91020.24671570.20992974X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07720.1251-0.10360.4752-0.1390.4808-0.36080.55770.04340.20550.3361-0.3710.17070.1124-0.07970.2721-0.19220.00171.0571-0.30020.735534.5207-35.87-20.5451
21.4026-0.37460.27390.48480.09010.86140.0740.4169-0.1818-0.18050.2852-0.0294-0.314-0.23790.02120.2861-0.03860.06370.4671-0.0160.48477.1135-40.7225-18.3809
30.61780.67640.09530.6632-0.05480.00610.1767-0.1970.20970.4048-0.24150.2004-0.3057-0.1204-0.00011.0163-0.0565-0.09941.0893-0.0430.85415.4872-9.5499-7.3348
40.61820.03980.16610.4504-0.3111.6339-0.08550.05040.0180.22670.066-0.0387-0.12610.0457-00.5212-0.07350.0710.4959-0.0830.52628.8129-23.471913.231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 918 through 1066 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 249 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 512 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 513 through 917 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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