[日本語] English
万見
- PDB-6fuu: Transcriptional regulator LmrR with bound heme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fuu
タイトルTranscriptional regulator LmrR with bound heme
要素Transcriptional regulator PadR family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Artificial enzyme / Complex / Heme-based catalysis / Transcriptional regulator / Multi-drug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Transcriptional regulator, Acidobacterial, PadR-family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Reddem, E.R. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO オランダ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: An Artificial Heme Enzyme for Cyclopropanation Reactions.
著者: Villarino, L. / Splan, K.E. / Reddem, E. / Alonso-Cotchico, L. / Gutierrez de Souza, C. / Lledos, A. / Marechal, J.D. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator PadR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3812
ポリマ－14,7651
非ポリマー6161
水88349
1
A: Transcriptional regulator PadR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator PadR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7634
ポリマ－29,5302
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area4580 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.145, 35.145, 180.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HEM

21A-201-

HEM

31A-201-

HEM

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator PadR family / Transcriptional regulator / Acidobacterial / PadR-family


分子量: 14764.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-4, 70-73 and 109-126 are not included in the model due to weak/absent electron density
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
遺伝子: NCDO763_1045, VN96_2738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M2ZSQ6
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM cacodylate, 300 mM sodium acetate, 25% PEG 200 MME, 200 uM hemin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.17 Å / Num. obs: 12313 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 29.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 112667 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.788.50.64453936310.8790.2250.6843.197.8
9.09-45.176.80.0689111340.9930.0260.07424.899

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F8C

3f8c


解像度: 1.75→34.498 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 589 4.82 %
Rwork0.2124 11643 -
obs0.2137 12233 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.13 Å2 / Biso mean: 39.2471 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→34.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数824 0 86 49 959
Biso mean--53.05 40.77 -
残基数----100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9761314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.355565
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7502-1.92630.31371430.24232779292299
1.9263-2.2050.25511520.20352844299699
2.205-2.77790.22481280.22962907303599
2.7779-34.5050.22871660.204731133279100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.9142 Å / Origin y: 18.6764 Å / Origin z: 123.0833 Å
111213212223313233
T0.1737 Å20.029 Å20.0518 Å2-0.1854 Å20.0344 Å2--0.2014 Å2
L1.5793 °2-0.3667 °20.5201 °2-2.3646 °2-2.0853 °2--3.9643 °2
S-0.1191 Å °-0.1245 Å °-0.038 Å °0.0015 Å °0.0787 Å °0.1855 Å °0.0677 Å °0.0842 Å °0.0234 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 5 through 108 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る