PDB-6fth: HMO binding ABC-transporter associated Solute Binding Protein, Bl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fth

タイトル

HMO binding ABC-transporter associated Solute Binding Protein, Blon_2347 From Bifidobacterium longum infantis ATCC 15697

要素

Extracellular solute-binding protein, family 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / extracellular solute-binding protein / family 1 / Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697

機能・相同性

: / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Extracellular solute-binding protein, family 1

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46851433536 Å

データ登録者

Ejby, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Not published
タイトル: HMO binding ABC-transporter associated Solute Binding Protein, Blon_2347 From Bifidobacterium longum infantis ATCC 15697
著者: Ejby, M.

履歴

登録	2018年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fth.cif.gz	247.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fth.ent.gz	160.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fth_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fth_full_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示
XML形式データ	6fth_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	6fth_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6fth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6fth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ombS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3omb-d 1kwh-d 1uqw-1 6h01-1 5g5y-2 2pyf-d 6lir-2 5ihz-1 4kph-2 5nmd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein, family 1

57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.399, 70.139, 121.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein, family 1 分子量: 57511.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア) 遺伝子: Blon_2347 / プラスミド: pETM-11 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B7GNP9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Extracellular solute-binding protein, family 1

分子量: 57511.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア)
遺伝子: Blon_2347 / プラスミド: pETM-11
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B7GNP9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 % / 解説: Rod shaped
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K PH範囲: 5.4-5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99985 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.468→45.9 Å / Num. obs: 149050 / % possible obs: 96.12 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.8181883171 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1084 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 16.44
反射シェル	解像度: 1.469→1.522 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.963 / Num. unique obs: 5197 / CC_1/2: 0.897 / R_rim(I) all: 1.013 / % possible all: 64.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OMB

3omb

解像度: 1.46851433536→45.8381348526 Å / SU ML: 0.145601682509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33286008293 / 位相誤差: 18.2464963816
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186774863502	7464	5.01464620677 %
R_work	0.159647648506	141380	-
obs	0.160998932361	148844	95.6335132357 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.5137986171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46851433536→45.8381348526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3902	0	0	536	4438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00827731476249	4002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97427692491	5435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0780338910608	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00664025030003	709
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1309657399	1455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4685-1.4852	0.960211457795	21	0.890952232121	447	X-RAY DIFFRACTION	9.19630575752
1.4852-1.5027	0.379025303913	194	0.336690973528	3674	X-RAY DIFFRACTION	74.6141975309
1.5027-1.521	0.28870394364	265	0.253333752529	4902	X-RAY DIFFRACTION	98.606870229
1.521-1.5403	0.23641461616	256	0.247055985898	4823	X-RAY DIFFRACTION	97.2615855994
1.5403-1.5605	0.259263867695	255	0.241560888463	4786	X-RAY DIFFRACTION	98.9013144987
1.5605-1.5819	0.266286633864	259	0.232884806136	4823	X-RAY DIFFRACTION	97.6556495004
1.5819-1.6045	0.245624574625	257	0.220907121397	4890	X-RAY DIFFRACTION	99.4013132484
1.6045-1.6285	0.21577516396	256	0.223051916168	4904	X-RAY DIFFRACTION	98.4357115605
1.6285-1.6539	0.25951839243	259	0.218694241695	4876	X-RAY DIFFRACTION	99.6506889191
1.6539-1.681	0.232697308546	259	0.204280271788	4912	X-RAY DIFFRACTION	98.7963316775
1.681-1.71	0.229259039457	259	0.196215680579	4917	X-RAY DIFFRACTION	99.7879313669
1.71-1.7411	0.221964208984	254	0.186284591696	4823	X-RAY DIFFRACTION	98.8897545773
1.7411-1.7746	0.197935585581	261	0.183915917919	4928	X-RAY DIFFRACTION	99.8652809854
1.7746-1.8108	0.231678608018	254	0.1870975377	4857	X-RAY DIFFRACTION	99.4357976654
1.8108-1.8502	0.216596937863	265	0.177443410775	4961	X-RAY DIFFRACTION	99.5807926829
1.8502-1.8932	0.174854143288	261	0.172864445804	4929	X-RAY DIFFRACTION	99.9422299249
1.8932-1.9406	0.214052553353	259	0.164922833473	4914	X-RAY DIFFRACTION	99.7108712413
1.9406-1.993	0.19064856946	259	0.156938093949	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.7683844818
1.993-2.0517	0.17728961037	262	0.146019053728	4947	X-RAY DIFFRACTION	99.8849472675
2.0517-2.1179	0.171678719708	258	0.14042098289	4911	X-RAY DIFFRACTION	99.9419953596
2.1179-2.1936	0.16763661879	259	0.137646457889	4899	X-RAY DIFFRACTION	99.9031570792
2.1936-2.2814	0.159294499858	261	0.134338779561	4936	X-RAY DIFFRACTION	99.9615310637
2.2814-2.3853	0.164270790942	258	0.132954889815	4913	X-RAY DIFFRACTION	99.9806651199
2.3853-2.511	0.141495760916	264	0.135511581864	4949	X-RAY DIFFRACTION	99.9233275829
2.511-2.6683	0.159764497618	256	0.133886592864	4894	X-RAY DIFFRACTION	99.9223903764
2.6683-2.8743	0.135565575118	263	0.134981209983	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.961508853
2.8743-3.1635	0.179661331026	259	0.140685439276	4924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1635-3.6211	0.1645182242	259	0.136491005349	4927	X-RAY DIFFRACTION	99.9807210334
3.6211-4.5616	0.167981307918	248	0.139354340856	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.9613974136
4.5616-45.8605	0.227872130853	264	0.188129804772	4942	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)