PDB-6ft5: Structure of A3_A3, an artificial bi-domain protein based on two ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ft5

タイトル

Structure of A3_A3, an artificial bi-domain protein based on two identical alphaRep A3 domains

要素

alphaRep A3_A3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / alphaRep / artificial protein / chimera / bidomain

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Li de la Sierra-Gallay, I. / Leger, C. / Di Meo, T.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Ligand-induced conformational switch in an artificial bidomain protein scaffold.
著者: Leger, C. / Di Meo, T. / Aumont-Nicaise, M. / Velours, C. / Durand, D. / Li de la Sierra-Gallay, I. / van Tilbeurgh, H. / Hildebrandt, N. / Desmadril, M. / Urvoas, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Minard, P.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ft5.cif.gz	56.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ft5.ent.gz	37 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ft5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ft5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ft5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fsqC 6hwpC 3ltjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q2c-d 5q4a-d 5q9b-d 5q1p-d 3ucw-d 5q7a-d 5q6w-d 5q1m-d 5q99-d 5q5l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alphaRep A3_A3

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: alphaRep A3_A3

ヘテロ分子

A: alphaRep A3_A3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.870, 46.678, 63.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 128.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	alphaRep A3_A3 分子量: 44605.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: Sodium-citrate (0.1M) Ammonium Sulfate (2.4M)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→44.691 Å / Num. obs: 15038 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.549 % / B_iso Wilson estimate: 35.369 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.895 / Net I/σ(I): 10.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.94-2.06	4.335	0.701	1.94	2340	0.875	0.796	94.7
2.06-2.2	4.75	0.49	3.01	2267	0.949	0.551	97.6
2.2-2.37	4.635	0.289	5.04	2115	0.968	0.326	98.1
2.37-2.6	4.332	0.186	7.1	1953	0.982	0.212	98.2
2.6-2.91	4.77	0.141	9.92	1780	0.991	0.158	98.3
2.91-3.35	4.671	0.083	15.07	1575	0.995	0.094	98.6
3.35-4.1	4.343	0.046	24.68	1334	0.997	0.052	98.8
4.1-5.77	4.662	0.037	29.63	1062	0.998	0.041	98.1
5.77-44.691	4.322	0.033	31.68	612	0.999	0.037	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LTJ

3ltj

解像度: 1.94→44.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.86 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22214	752	5 %	RANDOM
R_work	0.17478	-	-	-
obs	0.1772	14285	98.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.059 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	1.5 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.94→44.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1432	0	42	55	1529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.991	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.045	3	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.731	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.864	24.143	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.659	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.87	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.211	3.931	739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.211	3.925	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.198	5.876	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.196	5.884	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.903	4.982	748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.658	4.858	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.5	6.959	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.065	49.057	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.069	49.105	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.939→1.99 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	50	-
R_work	0.334	963	-
obs	-	-	91.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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